工程预付款起扣点的计算方式为：起扣点=承包工程价款总额-工程预付款数额-主要材料及构件所占比重。
工程预付款，又称材料备料款或材料预付款，是指工程开工前，发包人应按照合同约定向承包人预先支付一部分款项。一般工程工期越长，工程预付款数额就越大。但是，随着工程进度的推进，拨付的工程预付款数额应逐步减少。通常，在工程开工后一定时间内，发包人应在支付工程进度款时逐次扣除已支付的工程预付款。当工程进度款累计金额超过合同价格的一定比例（如10%）后，开始起扣工程预付款。
以一个具体的例子来说明：假设一个工程的承包工程价款总额为1000万元，工程预付款数额为200万元，主要材料及构件所占比重为60%。那么，起扣点就是：1000万元 - 200万元 - 1000万元 × 60% = 200万元。这意味着，当工程进度款累计金额超过200万元时，发包人开始逐次扣除已支付的200万元工程预付款。
总的来说，工程预付款起扣点的计算是为了保障发包人的权益，确保工程进度款的支付与工程实际进度相匹配，避免承包人在工程前期滥用工程预付款。