补充侦查，是指公安机关或者人民检察院依照法定程序，在原有侦查工作的基础上进行补充收集证据的一种侦查活动。补充侦查并不是每个案件都必须进行的活动，它只适用于事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人的案件。补充侦查由人民检察院决定，公安机关或者人民检察院实施。
补充侦查，并不是每一个刑事案件都必须经过的诉讼程序，它只适用于没有完成原有侦查任务，部分事实、情节尚未查明的某些刑事案件。因此，正确、及时进行补充侦查，对于公、检、法三机关查清犯罪，防止和纠正在诉讼过程中可能发生或已经发生的错误和疏漏，保证不枉不纵、不错不漏，准确适用国家法律，具有十分重要的意义。
种类
根据刑事诉讼法第68、140条和第165条的规定，补充侦查在程序上有三种，即审查批捕时的补充侦查、审查起诉时的补充侦查和法庭审理时的补充侦查。六机关《规定》第27条针对刑事诉讼法第68条作了明确规定，即人民检察院审查公安机关提请批准逮捕的案件，应当作出批准或者不批准逮捕的决定，对报请批准逮捕的案件不另行侦查。这就取消了审查批捕时的补充侦查。
（一）审查起诉阶段的补充侦查
1．补充侦查的形式。根据刑事诉讼法第140条第2款的规定，人民检察院审查起诉的案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查；也可以自行侦查，必要时可以要求公安机关提供协助。
2．补充侦查的期限和次数。根据刑事诉讼法第140条第3款的规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。这既指退回公安机关补充侦查的案件，也包括人民检察院自侦案件中决定退回补充侦查的案件。
3．经过一次退回补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。如果案件经过两次退回补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。
（二）法庭审理阶段的补充侦查
1．补充侦查的形式。（1）根据刑事诉讼法第165条的规定，在法庭审判过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，提出延期审理建议的，合议庭应当同意。人民检察院应当自行侦查，必要时可以要求公安机关提供协助。根据最高人民法院《解释》第157条规定，对公诉人在庭审过程中发现案件需要补充侦查而提出延期审理建议的，合议庭应当同意。但一该建议以两次为限。（2）根据最高人民法院《解释》第159条规定，合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料没有这方面的证据材料，应当建议人民检察院补充侦查。根据人民检察院《规则》第252条规定，人民检察院应当审查有关理由，并作出是否退回补充侦查的决定。人民检察院不同意的，可以要求人民法院就起诉指控的犯罪事实依法作出裁判。
2．补充侦查的期限。根据刑事诉讼法第166条的规定，依照刑事诉讼法第165条第2项的规定延期审理的案件，人民检察院应当在1个月以内补充侦查完毕。 侦查监督是指人民检察院依法对侦查机关的侦查活动是否合法进行的监督。根据刑事诉讼法的规定，除公安机关外，国家安全机关、监狱、军队保卫部门以及人民检察院的侦查部门也依法行使侦查权。因此，人民检察院对上述机关或部门的侦查活动是否合法同样行使侦查监督职权。
侦查监督是人民检察院刑事诉讼法律监督的重要组成部分，在刑事诉讼中具有十分重要的意义。
（一）侦查监督有利于保证国家刑事法律的统一正确实施，保证办案质量
人民检察院对侦查活动是否合法实行监督，可以使侦查机关在侦查活动中违反法律规定的行为，得以及时发现和有效纠正，从而保证侦查活动严格依照法定程序和要求进行，从诉讼程序上保障对犯罪分子的及时、准确、合法的追究，保证国家刑事法律的统一正确实施，防止和避免出现冤假错案，保证案件的质量。
（二）侦查监督有利于维护公民（犯罪嫌疑人、被告人）的合法权益
司法实践证明，在侦查活动中，不按法定程序和要求收集证据、采取有关的强制性措施，而通过刑讯逼供、诱供、骗供等非法方法取证，或进行非法拘禁等，都将严重损害公民的民主权利和其他合法权益。因此，人民检察院对侦查活动实行法律监督，就可以及时发现、制止和纠正上述违法行为，从而切实维护公民的合法权益。
（三）侦查监督有利于提高侦查人员的执法水平，督促其严格依法办事，更好地维护社会主义法制的权威性
人民检察院通过侦查监督，及时纠正侦查人员滥用职权的违法行为，从而促使侦查机关认真总结经验教训，提高对严格依法办案的认识和执法水平。同时通过侦查监督，及时纠正侦查活动中的违法乱纪行为，提高对公安司法机关办理案件公正性、合法性的认识，从而更好地维护社会主义法制的权威性。
范围
根据刑事诉讼法和《人民检察院刑事诉讼规则》的有关规定，人民检察院对公安机关的侦查活动是否合法实行监督，主要是发现和纠正以下违法行为：
1．对犯罪嫌疑人刑讯逼供、诱供的；
2．对被害人、证人以体罚、威胁、诱骗等非法手段收集证据的；
3．伪造、隐匿、销毁、调换或者私自涂改证据的；
4．徇私舞弊，放纵、包庇犯罪分子的；
5．有意制造冤、假、错案的；
6．在侦查活动中利用职务之便谋取非法利益的；
7．在侦查过程中不应当撤案而撤案的；
8．贪污、挪用、调换所扣押、冻结的款物及其孳息的；
9．违反刑事诉讼法关于决定、执行、变更、撤销强制措施规定的；
10．违反办案期限规定的；
11．有其他违反刑事诉讼法有关规定的行为的。
途径、措施
侦查监督的途径，是人民检察院发现侦查活动中违法行为的具体方式，而侦查监督措施则是人民检察院为实现侦查监督职能而使用的监督手段。
一般而言，人民检察院主要通过和采取以下途径和措施，对公安机关的侦查活动实行法律监督：
1．人民检察院通过审查逮捕、审查起诉来审查公安机关的侦查活动是否合法。发现违法情况应当通知公安机关纠正。
2．人民检察院根据案件需要，通过派员参加公安机关对于重大案件的讨论和其他侦查活动，发现公安机关在侦查活动中的违法行为。人民检察院发现后，应当及时通知公安机关予以纠正。
3．人民检察院通过接受诉讼参与人对侦查机关或侦查人员侵犯诉讼权利和人身侮辱的行为提出的控告，行使侦查监督权。人民检察院对于诉讼参与人的这种控告，应当受理，并及时审查，依法处理。
4．人民检察院通过审查公安机关执行人民检察院批准或不批准逮捕决定情况的通知、释放被逮捕的犯罪嫌疑人或者变更逮捕措施的通知，发现侦查活动中的违法行为，履行侦查监督职能。人民检察院发现公安机关或者公安人员在侦查或者决定、执行、变更、撤销强制措施等活动中有违法行为的，应当及时提出纠正意见。对于情节较轻的违法行为，由检察人员以口头方式向侦查人员或者公安机关负责人提出纠正，并及时向本部门负责人汇报；必要的时候，由部门负责人提出。对于情节较重的违法行为，应当报请检察长批准后，向公安机关发出纠正违法通知书。人民检察院发出纠正违法通知书的，应当根据公安机关的回复，监督落实情况；没有回复的，应当督促公安机关回复。人民检察院提出的纠正意见不被接受的，应当向上一级人民检察院报告，并抄报上一级公安机关。上级人民检察院认为下级人民检察院意见正确的，应当通知同级公安机关督促下级公安机关纠正；上级人民检察院认为下级人民检察院纠正违法的意见错误的，应当通知下级人民检察院撤销发出的纠正违法通知书，并通知同级公安机关。
人民检察院发现侦查人员在采取侦查措施或者决定、执行、变更、撤销强制措施等活动中的违法行为情节严重，构成犯罪的，应当立案侦查；对于不属于人民检察院管辖的，应当移送有管辖权的机关处理。
人民检察院审查逮捕部门或者审查起诉部门对本院侦查部门侦查或者决定、执行、变更、撤销强制措施等活动中的违法行为，应当根据情节分别处理。情节较轻的，可以直接向侦查部门提出纠正意见；情节较重或者需要追究刑事责任的，应当报告检察长决定。 人民检察院对直接受理的案件的侦查，是指人民检察院对自己受理的案件，依法进行的专门调查工作和有关的强制性措施。
侦查权限
人民检察院对直接受理的案件的侦查，除法律明确规定的以外，适用刑事诉讼法有关公安机关侦查的规定。
人民检察院直接受理的案件中，符合刑事诉讼法第60、61条第4项和第5项规定情形，需要逮捕、拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。人民检察院作出的拘留决定送达后，公安机关应当立即执行，人民检察院可以协助执行。对被拘留的人，应当在拘留后24小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或者监视居住。对被拘留的人认为需要逮捕的，应当在10日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长1日至4日。对不需要逮捕的，应当立即释放；对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。人民检察院不能在法定侦查羁押期限内侦查终结的，应当依法释放犯罪嫌疑人或者变更强制措施。
需要特别指出的是，人民检察院办理职务犯罪案件讯问犯罪嫌疑人程序将发生重大变化。2006年1月17日，在浙江宁波召开的全国检察机关推行讯问职务犯罪嫌疑人全程同步录音录像工作现场会要求，人民检察院办理职务犯罪案件每一次讯问犯罪嫌疑人时都应当对讯问全过程实施不问断的录音录像。这项工作将分“三步走”：第一步，从2006年3月1日开始，全国检察机关办理职务犯罪案件讯问职务犯罪嫌疑人必须实行全程同步录音，最高人民检察院、省级人民检察院、省会（首府）市人民检察院和东部地区分州市人民检察院办理贿赂案件和其他职务犯罪要案，还必须实行讯问犯罪嫌疑人全程同步录像。第二步，从2006年底开始，中西部地区分州市人民检察院和东部地区县区级人民检察院办理贿赂案件和其他职务犯罪要案，必须实行讯问犯罪嫌疑人全程同步录像。第三步，从2007年10月1日开始，全国检察机关办理职务犯罪案件讯问犯罪嫌疑人必须实行全程同步录音录像。提倡和鼓励有条件的地方尽早推行全程同步录音录像。
侦查终结后的处理
刑事诉讼法第135条规定：人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。据此，侦查终结后，人民检察院应当根据案件的不同情况，分别作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
根据最高人民检察院《规则》第234、235、238条的规定，人民检察院侦查终结的案件，对于符合提起公诉或不起诉条件的案件，由侦查部门制作《起诉意见书》或《不起诉意见书》，连同其他案件一并移送审查起诉部门，由审查起诉部门进行审查，再根据审查起诉的程序，作出提起公诉或者不起诉的决定；如果侦查终结，应当撤销案件的，侦查部门应当制作《撤销案件意见书》。
