一、感染性并发症。
1、吸入性肺炎：肠内营养支持中， 误吸发生后，突然出现的呼吸道炎症或呼吸功能衰竭，称吸入性肺炎，是其最严重的并发症，常见于幼儿、老年人及意识障碍的患者。患者的临床表现有呼吸困难、呼吸急促、喘鸣、烦躁、心率加快、X 线表现为肺下叶斑点状阴影。吸入性肺炎的临床症状和预后取决于吸入营养液的量和性质。如果大量的胃肠内营养液突然吸入气管，可在几秒钟内发生急性肺水肿；营养液中的pH 越低 ，对肺的损害越严重。通过鼻饲进行肠内营养支持的患者发生吸入性肺炎的可能性比经胃造瘘或空肠造瘘进行肠内营养支持要大的多。
防止胃内容物潴留及返流是预防吸入性肺炎的根本，一旦发现病人有吸入胃内容物的征象时，（1）、立即停止肠内营养液的输注，并吸尽内容物；（2）、立即行气管内吸引；(3) 、如果食物颗粒进入气管应立即行气管镜检查并清除之。（4）、改用肠外营养，输入一定量的白蛋白，减轻肺水肿；（5）、必要时行机械通气支持；（6）、鼓励病人咳嗽，咳出误吸的液体；（7）、应用抗生素防治肺部感染，必要时应用糖皮质激素，以改善症状。
2、营养液污染：临床上常用鼻胃管进行胃肠内营养，插管时就可能将咽部细菌带入胃内，在胃内繁殖生长，进而导致肠炎、腹泻、甚至更为严重的全身感染。营养液和输送管道器械在配液时和更换管道时也有可能被污染，主要是操作不符合规范所致。局部管道不及时清洗，配成的营养液在空气中暴露时间长也是引起营养液污染的一个重要环节。一般来说，营养液在室温下可保持12小时不发生细菌生长。在营养液的配置和肠内营养支持插管时，应严格遵守操作规范，避免因不规范操作引起的污染.
二、精神心理方面并发症。
肠内营养通常采用置入鼻胃管的方式，部分病人对此不易接受。病人自感口渴、失去对味觉的体会或是对营养液的味道感觉异常都会引起病人对胃肠内营养支持耐受力的下降。由于管饲病人失去咀嚼食物、吞咽食物的感觉，限制了咀嚼运动，见到食物后有饥饿感。由于鼻胃管的存在，病人常经口呼吸，引起口干，流鼻涕。鼓励用鼻呼吸，改进置管的方式和管的质量。在营养液中加一些佐料，使其有一种特殊的可口味道。病情允许时应鼓励病人进行咀嚼运动，多活动，以满足心理要求。