区别：
1、定义
外贸跟单员定义： 外贸跟单员是指在进出口业务中，在贸易合同签订后，依据合同和相关单证对货物加工、装运、保险、报检、报关、结汇等部分或全部环节进行跟踪或操作，协助履行贸易合同的外贸业务人员。
单证员是指在对外贸易结算业务中，买卖双方凭借在进出口业务中应用的单据、证书来处理货物的交付、运输、保险、商检、结汇等工作的人员。
2、工作内容
外贸跟单员按业务进程可分为前程跟单、中程跟单和全程跟单三大类： 前程跟单是指“跟”到出口货物交到指定出口仓库为止； 中程跟单是指“跟”到装船清关为止； 全程跟单是指“跟”到货款到账，合同履行完毕为止。跟单员按业务性质分又可分为外贸跟单和订单跟单。
单证员工作内容：收集和整理各种单证，完成送货单、订单、提单核对等对单据的各项处理，并进行基础数据录入和归档；跟踪每票货物的送货情况，统计核对相关数据；在整个过程中，完成与业务员、跟单员以及客户、货代各方面的协调沟通工作；协助参与收付汇，外汇核销以及退税的跟踪。
3、认证资格
贸跟单员，是我国商务行业继国际商务从业资格、国际货代员、国际商务单证员职业资格培训考试后第四个岗位的培训与认证考试，是外贸行业又一热门职业。
国际商务单证员全国统一考试主要是测试应试者从事国际商务单证工作必备的业务知识和能力。 国际商务单证员全国统一考试实行公开、公正、公平的原则，采取全国统一报名、统一收费标准、统一命题、统一考试、统一阅卷、统一发证的方式进行。
区别：
1、定义
外贸跟单员定义： 外贸跟单员是指在进出口业务中，在贸易合同签订后，依据合同和相关单证对货物加工、装运、保险、报检、报关、结汇等部分或全部环节进行跟踪或操作，协助履行贸易合同的外贸业务人员。
单证员是指在对外贸易结算业务中，买卖双方凭借在进出口业务中应用的单据、证书来处理货物的交付、运输、保险、商检、结汇等工作的人员。
2、工作内容
外贸跟单员按业务进程可分为前程跟单、中程跟单和全程跟单三大类： 前程跟单是指“跟”到出口货物交到指定出口仓库为止； 中程跟单是指“跟”到装船清关为止； 全程跟单是指“跟”到货款到账，合同履行完毕为止。跟单员按业务性质分又可分为外贸跟单和订单跟单。
单证员工作内容：收集和整理各种单证，完成送货单、订单、提单核对等对单据的各项处理，并进行基础数据录入和归档；跟踪每票货物的送货情况，统计核对相关数据；在整个过程中，完成与业务员、跟单员以及客户、货代各方面的协调沟通工作；协助参与收付汇，外汇核销以及退税的跟踪。
3、认证资格
贸跟单员，是我国商务行业继国际商务从业资格、国际货代员、国际商务单证员职业资格培训考试后第四个岗位的培训与认证考试，是外贸行业又一热门职业。
国际商务单证员全国统一考试主要是测试应试者从事国际商务单证工作必备的业务知识和能力。 国际商务单证员全国统一考试实行公开、公正、公平的原则，采取全国统一报名、统一收费标准、统一命题、统一考试、统一阅卷、统一发证的方式进行。
外贸跟单员：是接到订单后，你要及时的了解材料调达，生产进程，出货安排，和客户沟通，出问题后调节等等，就是要对这个货的所有的情况的把握。
跟单员是指在企业运作过程中，以客户订单为依据，跟踪产品，跟踪服务运作流向的专职人员。所有围绕着订单去工作，对出货交期负责的人。
所谓跟单员，是指在国际贸易过程中，根据已签署的商务合约中有关出口商品的相关要求，代表公司选择生产加工企业，指导、监督其完成生产进度以确保合同如期完成的人员。目前跟单员的供需比达1∶3以上，其薪金起点在2000元以上。而跟单员的入行门槛并不高，中专或同等以上学历的各类人员都可以从事这一行业。
单证员：因为出口或者进口，总归要订立合同，根据贸易条件，有可能你要去开信用证，或者催对方开信用证，货物需要报关，你要准备报关材料，还有出口退税申报。总的来说，你要打交道的是单据。
跟单员分为：业务跟单员，外贸跟单员，生产跟单员。
业务跟单：对客户进行跟进。尤其是已对本公司的产品已有了兴趣，有购买意向的人进行跟进。以缔结业务，签定合同为目标的一系列活动。对外叫业务员或业务助理。
生产跟单：对已接来的订单进行生产安排。对生产进度进行跟踪，按期将货物送到客户手中。对内叫：业务经理或生产主管或总经理助理。
不管是外贸公司的跟单员，还是工厂企业里的跟单员，他们基本职责都是由“业务跟单”和“生产跟单”两部分构成。以客户订单为依据，处理订单，跟踪产品，跟踪服务运作流向的专职人员。
单证员是指在对外贸易结算业务中，买卖双方凭借在进出口业务中应用的单据、证书来处理货物的交付、运输、保险、商检、结汇等工作的人员。
表现在对传统外贸岗位从业技能要求的提高：不仅要能掌握最新的专业知识，同时需持有国家颁发的资格证书。单证员的主要工作有审证、制单、审单、交单与归档等—系列业务活动，具有工作量大、涉及面广、时间性强与要求高等特点。
其实工作内容有交叉部分，这主要取决于所在的公司。不过单证员更多的是做单证及出口货运等，主要跟货代联系，不过也会跟工厂及客户联系；而一般意义上的外贸跟单员多是跟进单子的进度，即是主要跟客户及加工厂打交道。本回答被提问者采纳
跟单员，在业务员谈下来一笔生意后，跟进工厂的生产进度，和国外客人沟通具体的事项。
确实是在一些小公司，跟单员也要做单证。