我一般是这样操作的：
1.在“采购管理”界面，完成“采购发票”、“运费发票”的填制后，只进行“保存”、“现付”（赊购的可不进行“现付”操作）的操作，不进行“结算”的操作（这与只结算采购发票不同）；
2.在“采购管理”-“业务”-“采购结算”-“手工结算”中进行结算。在“手工结算”的界面，点击工具栏的“选单”，出现一个“结算选单”的界面。
在“结算选单”界面，点击工具栏的“过滤”后（注意日期，特别以前月份），接着点击工具栏“刷入”（即录入采购入库单记录）、“刷票”（即录入采购货发票、运费发票记录），对需要分摊运费的货物有关的购货发票、运费发票、采购入库单进行选择（一般点击每行记录前面第一个空格即可）；选择后，在表的下部“多选方式”前空格点击（划勾），再点击“确定”。
3.出现一个“结算汇总”界面。在该界面，首先选择分摊运费标准，是按照金额或者按照数量分摊，在表中间所列“金额”、“数量”选项之间选择一项。选择后，在表上面工具栏点击“分摊”，出现运费分摊结果。接着点击工具栏“结算”，完成运费的分摊和结算。
4.以上所说的是运费票、购货票同时到达情况的处理。如果运费票先到，一般等发票到后再分摊。至于发票先到已结算，运费票后到的情况，我只进行过结算，没实际进行过分摊运费。
说的是我的操作过程，重在讨论，肯定存在片面性。但愿能对提问者有所帮助。
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