首先,两者坚持的理论观点不一样。哈佛学派所依据的是微观经济理论中的新古典学派的价格理论,是将完全竞争和垄断作为两极,将现实的市场置于中间进行分析的自
马歇尔以来的新古典学派的价格理论。但是
芝加哥学派在理论上继承了奈特（F.Knight）以来芝加哥传统的经济自由主义思想和
社会达尔文主义，信奉
自由市场经济中竞争机制的作用，相信市场力量的自我调节能力，认为市场竞争过程是市场力量自由发挥作用的过程，是一个适者生存，劣者淘汰，即所谓“生存检验”的过程。
第二,两者的分析工具不一样。哈佛学派主要分析工具是SCP范式，即市场结构—市场行为—市场绩效。而芝加哥学派却认为市场绩效起着决定性的作用，不同的企业效率形成不同的市场结构。
第三，两者对“
市场集中度--利润”假说的看法不一样。在哈佛学派看来，在具有寡占或垄断市场结构的产业中，由于存在着少数企业间的共谋、协调行为以及通过高进入壁垒限制竞争的行为，削弱了市场的竞争性，其结果往往是产生超额利润，破坏资源配置效率。这就是“集中度——
利润率”假说。
但是芝加哥学派认为统计上的正相关关系，并不能代表现实中的经济因果关系，不同的市场效率可能会出现不同的市场结构。芝加哥学派更注重市场行为和市场绩效，批判哈佛学派的“集中度——利润率”假说。
第四，芝加哥学派坚持认为，哈佛学派建立在SCP 分析框架基础上提出的公共政策主张是不适用的，他们把政策目标分解为各种具体目标，从而不能为政府提供一个简单明了、在实践中又具有可操作性的政策手段。