水果贮藏结束时，永久性贮藏冷库要做好以下3件工作：（1）要把冷库房彻底打扫干净。（2）要进行冷库房消毒灭菌。消毒时，可用二氧化硫熏蒸，每100米3冷库房容积，约用硫磺3千克，加适量木屑生火发烟，密封两天后打开通风。也可用含40%甲醛的福尔马林，加40倍水，配成1%的稀释液，用喷雾器严密喷布冷库墙和地面。每100米3冷库房容积用药3千克左右。喷药后，密封24小时后进行通风。（3）靠自然通风换气调节温度的冷库房，在清扫、消毒后，要密封门、窗和通气孔等，尽量避免冷库外热量渗入，保持冷库内的低温状态，以备下次贮藏使用。水果冷库：水果冷库进库前的注意事项：水果入库前的筛选：水果放入水果保鲜冷库前要进行筛选，将腐烂、有伤的水果进行筛选出来，避免引起大量的腐烂，变质，太大、太小的水果也不能放进保鲜冷库，过大或者是过小都会导致腐烂变质。水果在入库后要经常对冷库进行保养维护，检查冷库内的温湿度记录，及时排除冷库内的腐烂变质的蔬果，防止更大的水果损失。水果出库的注意事项，跟入库是同一个道理，在出库的时候也要逐步的进行适应。避免直接出库导致水果表面凝结水珠，避免颜色发暗，避免变软影响口感，导致腐烂。升温温度以每次高出果温2——4℃为宜，相对湿度75%——80%.当温度升至与外界温度相差4——5℃时即可出库。
选工作要仔细的逐个进行，其目的是把带有机械伤、虫伤或成熟度不同的果蔬分别剔除。因为果蔬中含有大量的水分和营养物质，是微生物生活的良好培养基。微生物侵入果蔬体内的途径都是在果蔬的机械伤或虫伤的伤口处，被微生物污染的果蔬很快就会全部腐烂变质。不同成熟度的果蔬也不宜混在一起保藏。因为较成熟的果蔬，再经过一段时间保藏后会形成过熟现象，其特点是果体变软，并即将开始腐烂。有些果蔬经过挑选后，质量好的、可以长期冷藏的应逐个用纸包裹，并装箱或装筐。包裹果蔬用的纸，不要过硬或过薄，最好是用经过对果蔬无任何不良作用的化学药品处理过的纸。有柄的水果在装箱（筐）时，要特别注意勿将果柄压在周围的果体上，以免把别的水果果皮碰破。在整个挑选整理过程中，都要特别注意轻拿轻放，以防止因工作不慎而使果体受伤。
果蔬在采收后，最好在原料产地及时进行冷却把果蔬内部的热量散出。冷却后的果蔬用冷藏车运到冷藏库可直接进行冷藏。如果原料产地未经冷却的果蔬，进入冷藏间后，要采取逐步降温的办法，防止某些生理病害的发生。例如红玉苹果先在2．2℃储藏，然后再降到0℃储藏，可减少红玉斑点和虎皮病的发生。又如运输途中温度较高的鸭梨，直接进入0℃库房储藏，很容易发生黑心病。如果采用逐步降温的办法，可大大减少黑心病的发生，并延长了鸭梨的储藏期限。
