纹美瞳线的时候很容易因为医生在手术过程中消毒不严格，使用的手术器械消毒不严格等发生感染甚至是交叉感染。另外进行纹美瞳线之后眼睛部位会有创口要多加护理，以免发生术后感染。
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纹美瞳线是在睫毛的根部靠近眼球的位置进行，使用纹美瞳线的机器如果再操作的时候稍不留神很容易发生眼球的刺激伤害，严重的还可能造成失明等重大伤害。另外纹美瞳线使用的黑色色料很容易渗人组织内，堵塞毛孔，影响眼部组织正常功能。
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纹美瞳线的时候可能会因为使用的色料等化学物质渗人到睑板腺内,这样就造成了睫毛囊周围组织的机械性损伤及化学性刺激,破坏了正常的组织结构,引起毛囊周围腺体功能障碍而发生炎症性病变及分泌障碍。
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纹美瞳线的时候需要使用的药物较多，比如眼部局部麻醉药物，消毒使用的消毒液以及上色需要的色料等，其中含有化学成分较多，很容易出现过敏的情况。特别是本身体质敏感的人，更要在术前详细了解。