因为初号机本生就有S^2机关，而没有真正觉醒，只是碇源渡隐瞒了实情。
在第19话《男人的战斗》中，震怒的真嗣叫喊着要破坏NERV本部，源度立即调高了LCL的浓度使真嗣窒息昏迷，这才收回初号机。被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐EVA了。不久，第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在瓜田中遇到了加持。
在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽，完全沉默。就在真嗣又一次陷入绝望时，电源初号机再启动，以400%的 同频率将使徒击倒，并且，像野兽一样吞食着使徒。
经过十七、十八话，这一话已将剧情提到了最高潮，令人有迫近最终回的感觉。初号机觉醒后的行动，使观者不寒而栗。副标题INTROJECTION是心理学用语，意思是将别人的态度或思想内向投射。
扩展资料：
初机号暴走共发生了5次：
1、第2话 陌生的天花板
在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。发射后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在头部遭到使徒的攻击后活动停止。
真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动（暴走），在失控的状态下，用压倒性的战力将使徒击溃。
2、第16话 致死的疾病、而且
在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。
由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来（初号机暴走撕裂使徒）。
3、第18话 命运的选择
三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没告诉真嗣有关东治的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA三机出动拦截使徒，零号机与二号机相继被击败。
真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是源度命令打开初号机的Dummy系统（虚拟驾驶员），将三号机撕成了碎片。
4、第19话 男人的战斗
第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在瓜田中遇到了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽，完全沉默。
就在真嗣又一次陷入绝望时，电源初号机再启动（暴走），以400%的同步率将使徒击倒。
5、剧场版《死与新生》
因碇真嗣在LCL之海中拒绝了绫波丽提出的补完，决意去寻找人和人相互了解的可能性，初号机得以暴走从莉莉丝（大白丽）瞳孔中钻出，并造成莉莉丝死亡，补完计划失败。