澎湖群岛与台湾之间的交通主要依赖航空和海运。航空方面，旅客可以选择从台北松山机场、台中清泉岗机场、台南机场、嘉义水上机场和高雄小港国际机场出发，抵达澎湖的马公机场、七美机场或望安机场。每天大约有108个航班（往返算）由复兴、立荣、华信和德安航空公司运营。其中，马公至台北、高雄、台中和嘉义的航班频率分别为44班、34班、14班和2班。
海运方面，常见的船只为台华轮、远翔公主号、南海之星等，运行的航线包括马公至高雄、七美至高雄、马公至嘉义（布袋）和马公至台南（安平）。马公至高雄的船次较多，如台华轮的日航和夜航，分别为3班和3班，每班可承载约1150人和352人。乘客可以依据自己的需求选择合适的船次。
对于澎湖本岛与离岛的交通，从马公本岛出发，除了望安岛和七美屿有德安航空往返外，其他离岛如东海离岛（员贝屿、鸟屿）、南海离岛（桶盘屿、虎井屿等）、北海离岛（吉贝屿、目斗屿）和内海离岛（大仓屿）都需要通过轮船。乘客需前往岐头港口、南海游客中心、赤崁游客中心或后寮游客中心搭乘定期或不定期的交通船或民间快艇。
在澎湖群岛内部，交通工具以公共汽车、汽机车、出租车、脚踏车和徒步为主。澎湖本岛（包括澎湖岛、白沙岛和渔翁岛）、望安岛和七美屿的交通设施相对完善，而东海离岛、南海离岛、北海离岛和内海离岛则主要依赖机车、脚踏车和徒步，部分离岛如生态保护区或无人岛则无法直接前往。
澎湖群岛像一群散落的翡翠，密布在台湾和金门之间。从空中鸟瞰，一片泱泱碧海之中，翠绿色的岛屿星罗棋布，没在水中的泱水礁台（珊瑚礁形成的平台）把部分岛屿连成一气，村庄和聚落屋舍俨然，草原又覆盖了大部分的土地。