主要由于合并会计报表在合并范围、编制基础及编制方法上有其特点，存在的不确定因素较多，使审计工作的进行有一定的难度，下面就几个方面进行分析和探讨。
（一）由于报表编制的依据与方法不同，原有对单位会计报表的常规审计程序已不能满足对合并会计报表审计的需要。账簿是单位会计报表的编制依据，审计机关通常在对企业的内控制度进行测试的基础上，通过抽查审核原始凭证、记账凭证及账簿记录，先确定账簿记录是否完整、准确，再验证其会计报表是否账表相符，各项目列示是否正确。由于会计报表的数据与账簿的记录有一一对应的关系，因此通过上述的基本程序就可以达到复核的目的。而合并会计报表是根据纳入合并范围的子公司的单位会计报表及母公司的单位会计报表，通过编制合并工作底稿编制而成。因此，要完成对合并报表的审计，必须对常规审计程序进行补充，即对单位会计报表实施审计的基础上，尚须对合并工作底稿进行审计，包括审核合并范围、抵销事项是否正确，才能完成对合并报表的审计程序。
（二）由于合并报表要涉及多个企业独立编制的会计报表，要保证对合并报表的审计质量，难度较大。企业合并会计报表所反映的会计信息是否真实、准确，其前提是母公司及合并范围内的子公司的单位会计报表是否真实准确。这就需要对合并基础报表进行审计。在一般情况下，审计机关主要对母公司本部及非独立法人的子公司进行审计，若对独立法人的全资子公司或控股子公司进行企业财务审计，则需要对每个单位单独立项，单独完成包括发出审计通知书、实施审计、审计报告征求意见及作出审计意见等一系列审计程序，如果子公司较多，要逐一对每个子公司进行审计，就需要投入大量的人力和耗费较长的时间。笔者认为，对子公司的会计报表的审计，一是可以利用社会审计机构的审计结果，若子公司的会计报表已通过社会审计机构的审计，可以在审核后予以采用。二是可以采取延伸审计的办法，按照重要性原则，有重点地进行抽查，从重要的方面验证其会计报表是否真实准确，会计处理是否符合有关规定。这样，既可以保证审计的质量，又可以提高审计效率。
（三）母子公司间的投资、往来、交易等需在合并时抵销的事项，涉及范围广，事项多，不容易把握。对于母子公司和各子公司之间的投资和权益性资本及债权债务，在审计时，只要掌握有关投资、往来项目的明细资料，就比较容易对其进行复核和验证。需要注意的是，有部分企业在合并报表时，仍采用汇总报表的方法，未对子公司或非独立法人二级公司间的应抵销项目予以抵销，虚增资产负债，未能反映其真实损益。因此，在复核合并工作底稿时，应重点审查其有否抵销上述项目。另外，对于内部交易事项的抵销，由于涉及面广，变动性大，计算繁复，且需要同时在两个或两个以上公司获取详细资料，审计难度较大。如内部销售产品的业务，若非对母子公司每一笔销售业务进行审核，则无法清楚是否所有内部交易收入及未实现内部销售利润已被抵销。笔者认为，对于内部交易事项的复核验证，应遵循重要性原则，重点关注大宗的交易事项，对于金额小的交易，可不作复核。同时，采用从售出方入手，对相关的交易事项再行追溯到购入方，审核其是否已全部实现对外销售，从而对已实现或未实现内部利润或固定资产折旧的计提情况作相应的抵销处理。这样的操作方法思路清晰，比较简便。
（四）在合并范围发生变动的情况下，必须对连续两年的合并工作底稿进行审计。因为在合并范围没有变动时，上年度合并报表的期末数必定等于本年度合并报表的期初数，上年度合并抵销的事项，若本年度未作连续反映，则通过报表的勾稽关系可以容易地发现。但若是合并范围发生了变动，本年报表数据与上年度数据已无对应关系，若企业对一些上年度发生而影响到本年度的合并事项进行随意调节，如果不追溯审查上年度的合并工作底稿，单从当年报表或合并底稿上看，则难以发现问题。而在现行制度下，对合并工作底稿的编制、记录和保管，并没有具体的规定，因此，对合并报表编制是否遵循一致性原则、有否存在随意调节有关数据的情况作出审计判断就增加了困难。因而，如合并范围发生变动时，一定要追溯审查其上一年度的合并工作底稿，并重点关注上年度的内部交易事项，方可对其是否遵循一致性原则作出判断。
（五）对于母公司间接控股的子公司，有否按规定列入合并范围，审计难度较大，对长期投资项目的账目及合同文件资料的审查尤为重要。根据现行规定，应纳入合并范围的被投资企业包括：1、拥有其半数以上权益性资本，包括直接拥有和间接拥有；2、虽未拥有过半数权益性资本，但通过协议可控制的。对于第1种应纳入合并范围企业，如果母公司直接拥有或通过某一子公司间接拥有50％以上股权的，可通过查阅合同、账簿及单位会计报表附注掌握情况，母公司一般也会按规定将其纳入合并范围。但对于通过2个以上子公司间接拥有，或母公司直接拥有加上子公司间接拥有50％以上股权时，就要通过查阅母、子公司的账簿及认真审阅单位会计报表的附注，将资料汇总后才可获知。在审计中，要关注企业有否利用这种相对隐蔽的情况，随意调整合并范围。如某一企业集团，其本身直接拥有A公司30％的股权，通过其全资子公司拥有A公司10％的股权，又通过其控股80％的子公司拥有A公司20％的股权，实际上，直接和间接地拥有A公司56％的股权，且A公司又不属于规定可不予合并的公司，理应纳入合并范围。但由于A公司的资产结构及财务状况不佳，且规模不小，一旦合并，即对该集团合并报表数据影响较大，不利于其企业形象，故不予合并，也没有在报表附注上说明原因。这样的合并报表，就会误导报表阅读者。同样原因，企业也有可能把不应纳入合并范围的报表予以合并。因此，认真审阅有关投资项目的合同文件及账目，是确定合并范围必不可少的一项工作。
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