地方卫生标准工作管理规范的第五章主要关注标准实施的评估过程。省级卫生行政部门负有关键职责，首先，他们需要建立一个全面的卫生标准实施成效评估体系（第二十四条），对标准的执行情况进行综合分析，以确保其有效落实。
评估内容主要包括四个方面：一是卫生标准的学习、宣传和培训情况，以衡量公众和专业人员对标准的理解和掌握程度（第二十五条（一））；二是标准实施的进度，评估实际执行情况（第二十五条（二））；三是识别和记录实施过程中遇到的问题，以便及时解决（第二十五条（三））；四是收集相关意见和建议，作为改进和优化的依据（第二十五条（四））。
如果在评估中发现问题，省级卫生行政部门会采取措施进行整改，同时，对于发现的标准本身存在的问题，会立即上报给卫生部的相关业务司局（第二十六条）。卫生部接到报告后，会组织专业委员会和专家团队进行深入研究，如果必要，会迅速启动修订程序（第二十七条）。
省级卫生监督机构、疾病预防控制机构以及其他协助工作的机构，则需要结合本地实际情况，每年至少选择两项卫生标准进行重点评估（第二十八条）。这些重点评估的卫生标准会在特定地区或机构进行全程监测和跟踪，以确保标准执行的准确和有效。评估结果需定期报告给省级卫生行政部门，后者再向卫生部报告整体进展（同上）。