1990-1994年，鸟类农药中毒事件占野生脊椎动物农药中毒事件总数的70%～80%或更多，有118种野生鸟类的体内检测到残留DDT，常见的400多种鸟类中，有60多种的生存受到人类活动的威胁。在我国，尚未系统地对这方面资料进行过统计。农药主要通过3种途径对鸟类产生危害：一是直接造成的毒害作用；二是农药通过食物链在野生鸟类体内蓄积，引起鸟类生理、生活习性等一系列变化，以致降低了鸟类的生存能力和繁殖能力；三是改变了鸟类的生存环境。下面着重讨论第一和第二种途径造成的危害。至于第三种途径造成的危害，将在“农药对生态系统的影响”中加以论述。
有机磷和氨基甲酸酯类杀虫剂是AChE的抑制剂，能使鸟类的神经系统麻痹。鸟类AChE对这些抑制剂的感受敏感程度往往是哺乳动物的10～20倍，特别是小鸟感受性更高。有机磷农药急性中毒时，鸟类神经系统内和红细胞中的AChE活性降低程度与鸟类中毒的严重程度呈正相关。一般血细胞内AChE活性降低50%以上时可发生中毒症状，而且经几小时至2～3d即可变为难以逆转的酶活性降低，即所谓老化。这种情况下可导致鸟类死亡。所以，酶50%活性被抑制常认为是致死性的。有机磷酸酯类和氨基甲酸酯类农药的大量使用，使野生鸟类经常暴露在受有机磷酸酯类和氨基甲酸酯类农药污染的环境中，形成对鸟类潜在的、亚致死剂量的威胁。亚致死量的农药对鸟类虽然不能引起直接急性中毒死亡，但是它能通过影响鸟类的生理生化过程，对鸟类内脏器官造成毒害，或降低鸟类的生活能力、抗病能力和觅食能力，从而造成鸟类被捕杀和饿死的几率大大增加。
有机氯农药属于脂溶性较强的化合物，在鸟类体内难以被降解和排泄，所以，它们能在鸟类脂肪中积蓄，特别是在鸟类的脑、肝、肾及心脏这些器官大量富集，使这些器官受到损害。也有有机氯农药对鸟类是高毒的，如环戊二烯类杀虫剂，包括狄氏剂、异狄氏剂和七氯，它们能造成捕食性鸟类和猛禽发生急性中毒死亡。有机氯农药目前在多数国家已被禁用，环境中的残留量逐渐下降，使得这类农药对野生鸟类危害性逐渐降低，一些数量稀少的捕食性鸟类和猛禽数量开始增加，如一度面临灭绝的美国秃鹰开始由日益减少逐步走向恢复。
农药也会引起鸟类许多异常的生理现象。如美国的雄性海鸥雌性化、甲状腺肥大，燕鸥卵受精率下降，斑背潜鸭雄性个体减少等。农药干扰鸟类内分泌活动主要是通过对鸟类内激素发生作用，从而造成鸟类生殖障碍。农药对鸟类内激素发生作用主要有3种途径；一是能在鸟类体内发挥与内源激素相同的作用；二是能够抑制或中和鸟类内源激素；三是能够破坏鸟类内源激素的合成或代谢。