（1）SLE：约99%（86%～100%）的活动期SLE病人ANA阳性，其滴度也常>1:80，但它的特异性差。对于未经治疗的疑似患者，多次检查抗核抗体，若结果阴性，应考虑其他疾病的可能。ANA阳性本身不能确诊任何疾病，但ANA阳性且伴有特征性狼疮症状则支持狼疮诊断。ANA阴性几乎可除外SLE的诊断。但应注意有5%的SLE病人ANA可为阴性，这其中大部分为抗SSA抗体、抗SSB抗体阳性，因为测定ANA通常用鼠肝或鼠肾做底物，而这些组织核内含SSA、SSB、Jo-1、rRNP抗原相对较少，所以不易测出其相应抗体。可加做人喉癌上皮细胞为底物的方法进行检测。
有人认为效价滴度可作为反映病情的参考指标。由于抗脱氧核糖核蛋白因子，尤其是抗脱氧核糖核酸因子与病情活动性有关，当病性好转或用大量皮质激素治疗后，其滴度下降甚至完全消失。一般说来抗核抗体滴度的高低大多数与病性的好转，恶化是平行的。 即认为ANA在狼疮活动期阳性率和滴度均增高，在缓解期阳性率和滴度均减低。但总的来说ANA抗体阳性与疾病的活动相关性不大。
（2）其他结缔组织病：可见于盘状红斑性狼疮、皮肌炎、类风湿 关节炎、硬皮病、干燥综合征、血管炎等。在非狼疮性结缔组织病中，ANA阳性率为50%，ANA作为自身免疫性结缔组织疾病的筛选试验必须强调中高滴度。
（2）正常人 ：只有少数ANA阳性。一般当血清稀释度1:4时，男性有3%阳性，女性有7%阳性，而80岁以上健康老年人阳性率可达49%。
（3）其他疾病：消化系疾病（如慢活肝、溃疡性结肠炎）、造血系统疾病（如巨球蛋白血症、淋巴瘤、特发性自身免疫性溶血性贫血、恶性贫血）、感染性疾病、 原发性肺纤维化、恶性肿瘤、重症肌无力、结核病等。这类疾病的滴度往往较低。
（4）药物反应：服用某些药物如普鲁卡因酰胺、三甲双酮、肼苯哒嗪、苯妥英钠、异烟肼、磺胺类、保泰松、对氨基水杨酸等均可出现ANA阳性。但停药后即降至正常水平。
需强调的是：由于某些原因ANA可呈假阳性和假阴性。ANA主要用于自身免疫性结缔组织病的筛选试验，因为低滴度的ANA可在感染、肿瘤及正常人中出现，未加稀释的正常人血清约1/3也可呈阳性反应，一般滴度在1：40以上应考虑结缔组织病可能，ANA>1：80有较大临床意义。
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