故事发生在安布雷拉公司的生物工程实验室——“蜂巢”里，数百名遗传学、生物工程学专家正在进行一项科学研究，一种病毒突然爆发了并迅速传播着，而超级计算机“红色女王”为了控制病毒不让其外泄到地面上，将蜂巢全部封闭，病毒很快感染了所有的工作人员。
以艾丽丝、瑞恩和马特为首的一个救援小组接到命令后来到了蜂巢，他们必须带领着特遣队员们将这种已毁灭了蜂巢所有人员的病毒隔离起来。然而，队员们很快发现这些工作人员们并不是真正地死去了。他们现在已成为徘徊在蜂巢内恐怖的丧尸。人们一但被他们咬伤或被抓伤就会受到感染，甚至立即变成丧尸。
面对着几乎无法控制的局面，几百个四处走动极具攻击性的僵尸，和更神秘的险恶力量，救援小组的队员怎样才能脱离困境并阻止病毒继续扩散呢？
生化危机：启示录
艾丽丝从上部的丧尸群中逃离，可是她却依然逃不出这场恶梦。经过安布雷拉公司地下生化实验室的改造，她被赋予了超人的力量速度和感知能力，现在她必须担负起保护人类的工作，继续开始与丧尸的战斗。
T病毒仍然在浣熊市内肆虐蔓延，那些感染病毒的丧尸也成为威胁整个人类的因素，必须在它们更加强大之前找到T病毒的来源和有效控制它的方法，以解决整个人类陷入基因突变的绝境。为了这个目的，同时也是为了找出和拯救浣熊市内可能幸存的同胞，艾丽丝和刚刚被保护伞公司抛弃的特种防卫队队员吉尔、以及佩顿、L.J.、尼克莱以及队长卡洛斯组成调查组，再一次深入到浣熊市腹地。
除了面对丧尸大军、变种怪物，他们遇到了更加强大的敌人，这个被称为“复仇邪神”的怪物是第一集中受伤的马特在接受安布雷拉公司的“奈密斯计划”之后变异而成，它被输入了毁灭一切生物的指令，并且它还拥有强大的电磁炮和火箭弹拥有惊人的破坏力。而艾丽丝却也是这个计划的一部分，身为“复仇女神”的她和身为“复仇邪神”的马特，谁才是人类的进化方向？
故事最终，安布雷拉公司在逼不得已的情况下，开启最终计划“消毒”，“消毒”其实是使用核弹将整个城市毁灭。但是最终病毒并没有完全消灭……
生化危机：劫后余生
故事紧接着上集。随着威力巨大的核武器的惊天动地的爆炸声，“罪孽深重”的整座浣熊市瞬间就被从美国版图上抹去。不过，硝烟尚未散尽，已经有几个幸存者踏上了自己的求生之路。机智勇敢的卡洛斯·奥利维拉(奥德·菲尔饰)、勇猛乐观的L.J.(麦克·艾普斯饰)、沿途被救下的性感的K玛特(斯班瑟·洛克饰)、克莱尔·莱德菲尔德(艾莉·拉特尔饰)以及年轻的护士贝蒂(阿姗蒂饰)与幸存下来的几十个人组成了一个车队，艰难地前行着。
与此同时，一直在拼尽全力努力躲避伊萨克斯博士的爱丽丝(米拉·乔沃维奇饰)也在一路与疯狂的噬人僵尸的战斗中，最后为了救车队，艾丽丝不得不暴露在博士的监控卫星下。为了生存，车队决定去没被污染的地方。可是车队没有足够的食物和汽油，小村落的食物和汽油以被他们拿完了，那们必须去大城市——伊萨克斯找寻。杀入安布雷拉公司总部，彻底清除阴险的艾尔伯特·维斯特(贾森·奥玛拉饰)和他的邪恶助手伊萨克斯博士(伊恩·格伦饰)。
但艾尔伯特·维斯特(贾森·奥玛拉饰)和他的邪恶助手伊萨克斯博士(伊恩·格伦饰)早有准备，伊萨克斯已然为爱丽丝准备好了一切：强壮成群的僵尸、各种杀人陷阱、爱丽丝计划、以及更令人毛骨悚然的可以在瞬间毁灭数百万正常人的最新型病毒……
不过，爱丽丝并非孤军作战。车队最终加入了爱丽丝惩恶扬善的队伍，一同奔着阴森可怖的安布雷拉公司的总部杀将过去……
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