《山海经》自古以来都被称为神话之书，被认为是荒诞不经之作，司马迁曾说“山海经所有怪物，余不敢言之也”，不经意之间就把山海经摆在了神坛。现在很多人了解山海经是从鲁迅的《阿长与山海经》，讲的是绘图的人面兽，九头蛇，三足鸟。由于这些误导，结果以讹传讹，山海经几千年来就完全被当作神话了。
实际上，《山海经》只是一部综合各种知识而显得庞杂的古籍，分为两大部分，一部分是五藏山经，这是以东、南、西、北、中五大山系为主体的地理著作，这部分只是鸟兽怪异，山川道里很难考证；另一部分是海内经、海外经、大荒经，这部分是图文参照的历史著作，但是图像部分已经失传，其中神话传说又比较多，所以被人误以为荒诞。自古以来对它的性质众说纷纭，而对它做的目录学分类也不统一，先后被归入地理类、数术略形法家之类、五行类、神怪类、小说及古史类等。然而就《山海经》的性质及其成书来说，鲁迅在《中国小说史略》中，把《山海经》称作“古之巫书”论断才是确定不移的。《山海经》确是古代的巫书，是一代一代的巫师把所见所闻通过口耳相传，积累而成。而早期巫史不分家，包罗万象的记载使得书中内容历经各代润泽扩增愈发驳杂。
这一本涵盖了天文、地理、历史、宗教、生物、医药、帝王世系及重大技术发明等方面的百科全书，对后世的影响自是不言而喻的。
一、科学研究价值
《山海经》的原始资料是由后世的人整理记录的巫师们口耳相传的知识，到了战国时期，有人把这些性质相似而杂乱无章的资料编撰成文而成。到了汉代，又经人增删润饰，就成了现在所看到的《山海经》。
1、自然科学
《五臧山经》五篇、《海外经》四篇、《海内经》四篇中，记载了华夏之地和海外各国的山川地理，奇异的动物、植物、矿物，海内的神奇事物，如昆仑景象、建木形态、巴蛇和贰负等状况等。此书所记的山、水、国、民族、动物、植物、矿物、药物等，除大部分是殊异的而外，也有一部分是常见的。然而，无论其是殊异的还是常见的，都是上古历史、地理、风俗的一个侧面，都为后世地理、水利、天文等科学家提供了极为宝贵的资料和数据。
2、社会科学
《山海经》中对祀神的典礼和祭品、祭器、诸山山神的形貌、职司和神力、不同国家和民族、帝王的世系，器物的发明创造等均有记载，涵盖了许多古代文化、历史、民俗等知识。如帝俊的后裔番禺发明舟，吉光发明车，晏龙发明琴瑟，又均是最早的锻工，炎帝的后代鼓延发明钟，并且作了乐曲等等虽无可考证，亦提供了姑妄言之的参考。而且，《山海经》也为人们了解自然知识和古代某些充满巫神祈祷的社会生活提供了宝贵的资料，使得千百年后的我们得以一窥先人生活，触摸那个遥远的时空。
二、文学参考价值
历史上，明朝胡应麟在《四部正讹》中说：“《山海经》，古之语怪之祖。”，将它看作是神怪之类的书。清朝官修《四库全书总目》在辩驳了诸家的说法和归类后，认为“核实定名”，应是“小说之最古者”，又看作是小说性质的书。清末张之洞在《书目答问》中，把《山海经》列入古史类，则看作是史书。而三者中不论哪一类，都不可否认肯定了《山海经》的文学价值。在它广博、丰富的内容之外。奇特、高超的想象力更为古往今来的人们所称道、所叹服，因而它不仅是广大社会科学和自然科学工作者研究的重要对象，而且也是广大读者朋友了解神话传说，体会先民纯真的想象力和文学创造力的一大宝库。
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