1、性质不同
国有独资公司：
国家单独出资、由国务院或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责。
国家控股公司：
政府以国家资本向企业投资入股，取得控制性股权、通过参加董事会，制定企业大政方针，但不直接参与企业经营活动。
2、设立条件不同
国有独资公司：
国有独资公司应当按法律规定的有限责任公司的设立条件和设立程序进行。《公司法》第23条规定，设立有限责任公司应当具备五项条件。股东符合法定的主体、人数等条件；股东出资达到法定资本最低限额；制定公司章程；有公司名称，建立符合国有独资的有限责任公司要求的组织机构；有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件。
国家控股公司：
国家控股公司应是国家单独投资设立，经国务院批准对授权范围内国有资产行使所有者权利，主要以控股方式从事资产经营活动，并依法登记注册的特殊企业法人。这种公司不得宣告破产。遇公司清算，其净资产不足以清偿债务的，其不足部分由国务院承担。
主要经营业务要符合国家的产业政策，所在行业在国民经济中要占有非常重要地位；其净资产和总资产要达到一定的规模。对其报批的文件，包括公司章程、经营范围等要有明确的要求和规定。公司的法人治理结构也与一般公司不同，可以实行总经理负责制，设立党组，国务院对其派出监事会等。
3、管理制度不同
国有独资公司：
国有独资企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长(经理)负责制，注重隶属关系;国有独资公司是以“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
国家控股公司：
国家控股公司企业制度除应有一般现代企业制度的全部特点外，还应满足以下基本原则要求：维护股东权益，利于国家控股；改善和加强党的领导；效率优先，兼顾公平，实行按劳分配为主体的多种分配形式；强化职工主人翁地位，普遍参与民主管理。
参考资料来源：百度百科-国有独资公司
参考资料来源：百度百科-国家控股公司
可以依法宣告破产。国有独资公司无股东会。
国家控股公司是依据国家有关法律组建的具有法人地位的经济实体。政府以国家资本向企业投资入股，取得控制性股权、通过参加董事会，制定企业大政方针，但不直接参与企业经营活动。国有控股企业是指在企业的全部资本中，国家资本股本占较高比例，并且由国家实际控制的企业。包括绝对控股企业和相对控股企业。国有绝对控股企业是指国家资本比例大于50%（含50%）的企业，包含未经改制的国有企业。国有相对控股企业是指国家资本比例不足50%，但相对高于企业中的其他经济成分所占比例的企业（相对控股），或者虽不大于其他经济成份，但根据协议规定，由国家拥有实际控制权的企业（协议控制）。如：中石化、工商银行等。