首先，商业银行内部审计的目的不够明确。 事实上，我国商业银行内部审计部门的主要职责是检查和处罚操作层面的违规行为。内审部门的工作是停留在事后检查，突击审核少，提前通知多。 后续审计也处于起步阶段，日常监管工作尚未展开。 在工作方式上，只有检查和向领导反映的问题，没有对问题的深入分析和总结，不能发挥内部审计的保健作用。 可见，目前我国商业银行内部审计目的定位还不够明确，还处于模糊状态。
其次，我国商业银行的内部审计模式还不够完善。 目前，我国商业银行的内部审计基本处于从账户基础审计向制度基础审计的过渡阶段。内部审计以所有业务和账户为基础，主要采用依靠审计人员经验判断的详细审计和抽样审计方法，使得内部审计更具随意性和科学性，导致审计成本高、审计时间长、审计效率低。 商业银行中间业务量大，资产负债多，会计数据和相关信息复杂，资金往来频繁。在这种情况下，如果商业银行的内部审计仍然采用传统的审计方法，是非常不经济的。另一方面，审计人员过于关注内部控制，过于依赖内部控制的测试而忽视审计风险的其他可能环节，无法从组织环境、历史等多个渠道有效收集审计证据，无法突出审计重点。
再次，商业银行内部审计结果利用不够。 尽管审计制度不断改革，审计信息更加畅通，但审计结果的应用还没有得到足够的重视。 例如，内部审计部门通常对审计中出现的问题采取一对一的纠正或处罚，缺乏系统的分析、评估、整改机制和对共性问题的研究。 每年都会发现很多问题，既浪费人力资源又增加审计成本；另一方面，被审计的商业银行缺乏对审计中发现的问题进行整改的约束机制。 一般情况下，对上级银行的考核以量化指标为主，没有建立经营管理整体考核的评价体系，导致下级银行忽视了内部审计的警示作用，甚至出现了屡查屡犯的现象；第三，对审计结果的利用不够 目前可以利用的仅限于系统内的常规现场审计项目，而对下级行的自我审计项目中风险揭示不及时、敏感问题易处理等人为过滤现象缺乏准确全面的了解，难以通过信息的反馈真正从更全面的角度落实审计建议。
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