税务系统内部控制的内容包括组织架构、业务流程、授权审批、会计控制等多个方面。
一、组织架构控制
组织架构控制是税务系统内部控制的基础，旨在建立完善的组织架构，明确职责分工，确保各部门之间权责清晰、相互制约。组织架构控制应当包括机构设置、职责分配、人员编制等方面，确保各部门和岗位的权责匹配合理，工作流程顺畅，有效防范风险。
二、业务流程控制
业务流程控制是税务系统内部控制的核心，旨在制定科学合理的业务流程，明确业务流程中的关键环节和风险点，确保业务流程的规范化和高效化。业务流程控制应当包括税收征收、管理、检查、提退等各个环节的操作流程。
三、授权审批控制
授权审批控制是税务系统内部控制的重要环节，旨在建立授权审批制度，明确各级领导的审批权限和审批程序，防止权力滥用和舞弊行为。授权审批控制应当包括对纳税人申请认定、发票领购、涉税事项审批等重要事项的审批程序和权限设置，确保审批过程的规范、透明和合法。
四、会计控制
会计控制是税务系统内部控制的重要组成部分，旨在建立完善的会计制度，规范会计科目、会计报表、会计凭证等会计基础工作，确保会计信息的真实、完整、准确。具体来说，会计控制应当包括会计科目设置、会计报表编制、会计凭证审核等方面的基础工作规范。
风险管理和内部控制文化建设
一、风险管理
税务系统内部控制应建立完善的风险管理制度，对税收征收、管理、检查、提退等各个环节可能存在的风险进行全面识别、评估和控制。风险管理应包括风险识别、风险评估、风险应对和风险监控等方面的工作，减少风险对税务工作的影响。
二、内部控制文化建设
税务系统应加强内部控制文化的建设，提高全体员工对内部控制的认识和重视程度。通过培训、宣传等方式，使员工充分了解内部控制的重要性，树立内部控制意识，自觉遵守内部控制制度，形成良好的内部控制氛围。