正职被副职架空的情况，在一些单位短时间存在这个现象，但是不能长时间存在下去，这个问题处理必须稳妥，既不能操之过急，又不能听之任之。
你是一个部门的负责人，部门的其他下属都在看你的反应，看你如何解决副职的问题。如果你操之过急，那个副职趁你尚不熟悉部门情况，给你制造大的麻烦，最后造成部门的工作失职，你这个正职难辞其咎；如果你听之任之，任由副职长期把持部门的实权，又会让其他下属效仿，产生破窗效应，你这个正职更难开展工作了。
根据我多年的工作经验，建议你采取如下步骤。
一、 争取上级领导的支持，让上级领导为你“背书”你能当上部门的一把手，肯定是上级领导对你高度认可的，否则就把那个主持工作的副职扶正了。我想上级领导也对你们部门的情况、对那位副职的所作所为是有所耳闻的，之所以上级领导不发声，只要想看看你这个正职如何处理，对你也是一次考验。
这种情况下，你上任后，争取尽快召开一次部门全体人员的会议，这个会议一定要让上级领导参加。而且在会议召开前，你要提前与上级领导沟通好，让领导在会议上力挺你，强调工作汇报程序和汇报纪律。既然领导任命你做部门正职，肯定大力支持你的工作，一定在会议上要求部门其他人员配合你的工作，服从你的管理。
有了上级领导做你的“背书”，就为你下一步的工作开展奠定良好的基础。部门其他人员看到领导那么支持你，也会明白部门的真正负责人是你，而不是那位副职，也清楚部门的管理要“换主人”了，职场上人的切身利益是第一位的，为了自身的利益，其他下属应该不会明目张胆与你对抗的。
二、深入调研部门的业务，深入了解部门的人员，掌握第一手材料那位副职之所以可以架空你，是因为你刚上任，不熟悉部门的业务，也不了解部门人员的情况。这种情况下你即使知道副职做法不对，但是你现在还没有完全掌握部门业务，也只能忍而不发。
这种情况下，你暂时不做大的决策，而是要尽快熟悉业务，深入基层调研工作，与各个下属座谈交流，力争在最短时间内掌握部门的业务情况、人员情况、目前正在进行的重要工作情况等等。没有调查就没有发言权，你掌握了第一手材料，也就不怕副职捣乱了。
三、 烧好新官上任的“三把火”在上级领导支持下，在你掌握部门情况后，你作为部门的新官，要烧好你的“三把火”。
1、 第一把火：重新调整部门的人员分工，重新界定各个人员的工作职责。你是部门的正职，做部门人员做重新分工是你职责范围内的事情。借助这次工作的分工，你就可以将部门的管理权限牢牢掌握在自己手里。调整分工后，你部门所有重要岗位的人员，要向你汇报对象，而不是那位副职，那位副职再不满意，也不敢明目张胆的对抗你。
2、第二把火：加大部门考核激励措施修订你部门的考核激励措施，对于全心全意支持你的工作，兢兢业业做出业绩的下属，给与奖励；对于拒不服从你的指挥，阳奉阴违，工作态度、工作业绩差的下属，按照考核进行处理。你是部门的负责人，考核、奖励下属是你的权利，也是你的责任。让部门员工知道，你才是真正的老大。
3、第三把火：团结大多数，孤立极少数，为部门争取利益一个组织、一个团队，大多数人还是希望这个组织/团队向好的方向发展，你作为部门正职，要团结大多数下属，孤立极少数人，只要大部分人团结在你的周围，你就能很好的开展工作了。同时，你要为你的部门尽可能争取利益，让下属看到，跟着你干有前途、有希望，自然你的威望也树立起来了。
后记：俗话说：“新官上任三把火”，烧三把火之前，对上，要得到领导的大力支持，对部门，要迅速熟悉业务、了解各方面的关系。作为部门正职，要紧紧抓住对下属的管理权、考核权、激励权，团结大多数，孤立极少数。你的工作就慢慢顺畅了。