大部分新三板公司都有面向本公司员工的股权激励安排，大多数以成立有限合伙的方式进行操作。但是就是这样一个简单便利的途径，在2015年11月24日股转系统发布的有关新三板企业定向发行的问答中被禁止。原因据猜测是防止股份代持等违规行为。这样一项规定，使得原本计划采用老办法进行员工股权激励的新三板企业犯了难，员工股权激励难道以后都不能做了吗?
答案当然是否定的，员工股权激励还是要做的，但是要换一种形式。员工持股计划设立的新思路，股转系统已经给出了，那就是用原来放在有限合伙的钱来认购新发起的基金份额或资管计划，再由这些经过备案和核准的基金或资管计划认购新三板公司的股票。
玩法
要说走基金通道设立持股平台认购公司发行股份需要怎么办，一般分三步走，(下文中拟进行员工激励的新三板企业称为标的企业)：
第一步：由基金管理公司发起设立一支契约型基金，由基金管理公司来管理基金的投向。为了确保这支新基金的投向是标的企业，双方可以在第一步的合同中约定双方在该支基金的投资方面为一致行动人。
第二步：基金管理公司与标的企业员工签署基金认购合同。基金管理公司完成基金募集，到证券业协会备案。
第三步：基金管理公司用完成备案的该支基金投资标的企业，认购标的企业发行的股票。
关注点
1、新三板企业借道基金进行员工持股应采取契约型基金的方式。
根据《全国中小企业股份转让系统投资者适当性管理细则(试行)》关于合格投资者的规定，“下列机构投资者可以申请参与挂牌公司股票公开转让：1、注册资本 500 万元人民币以上的法人机构;2、实缴出资总额 500 万元人民币以上的合伙企业。集合信托计划、证券投资基金、银行理财产品、证券公司资产管理计划，以及由金融机构或者相关监管部门认可的其他机构管理的金融产品或资产，可以申请参与挂牌公司股票公开转让。”当中规定了法人机构与合伙企业，而对当下使用频次最多的契约型基金的规模没有特别要求，因此契约型基金参与新三板企业的增发，只要满足基金管理人在证券业协会备案，且基金本身也完成备案，即可成为新三板的合格投资者。所以今后新三板企业借道基金进行员工持股可以大量采取契约型基金的方式，便于操作。
2、契约型基金的合格投资者：有限合伙OR个人?
根据《私募投资基金监督管理暂行办法》第十二条的规定，私募基金的合格投资者一定要符合一定的条件，作为单位而言净资产不低于1000万元，作为自然人的金融资产不低于300万元或者最近三年个人年均收入不低于50万元。并且，投资于单只私募基金的金额不低于100万元。
因此如果是采取个人认购的方式，在员工个人资产不满足条件的前提下，会出现代持，需要标的企业内部沟通协商清楚，找到愿意让对方代持的人，避免以后的纠纷。最终基金赎回后收益是按照认购份额不同打到认购方的账户，约定清楚代持方防止最后的利益纠纷。这一方式的优点是个人收益不用申报缴税。缺点是认购的份额在基金赎回前不能转让，也不利于企业统一管理。如果是采取员工持股平台(有限合伙)认购基金份额的方式，需要满足有限合伙的净资产不低于1000万元。若标的企业内部员工认购资金未达到1000万元的标准，则只能由个人进行基金认购。这一方式的优点是有限合伙的份额可以进行转让，且便于企业统一管理。
缺点是基金收益最终归持股平台(有限合伙)，平台对合伙人的收益有代扣代缴义务，这部分税负不能避免。
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