1.抗菌药物的耐药性
在青霉素刚刚应用于临床之后几年，临床医师就发现一些细菌产生耐药性。随着大量抗菌药物临床应用，抗菌药物耐药性问题就像滚雪球一样严重地影响临床医疗和病人安全。对多种药物产生耐药性的结核病菌不再局限出现于某个国家和地区，每年都会使数以万计的病人死亡。
2.抗菌药物毒副反应
一些药物具有耳毒性或肾毒性、肝毒性，如耳毒性药物使用不当，是造成药物继发性耳聋的主要原因。一些药物会造成造血系统的影响，还有一些药物可能影响儿童骨骼、牙齿的生长发育。妊娠期和哺乳期抗菌药物使用有可能对胎儿和婴儿产生不良影响。
3.抗菌药物造成的菌群失调、二重感染和院内感染
长期使用广谱抗生素和联合使用抗生素可能造成人体正常菌群的失调，引发二重感染或霉菌感染，也是造成院内感染的主要因素之一。
4.抗菌药物引起人体的变态反应
如青霉素、链霉素、磺胺等可引起人体的变态反应，如处理不当，会危及患者的生命。
1.遵医嘱使用。
2.保证每天的剂量，并坚持完成整个疗程。
3.如果最近正在服抗菌药，漏服剂量应向医生咨询。
4.如果由于某种原因，家里有剩下的抗生素，应扔掉它们，而不应用其治疗其他疾病。
5.不要主动要求医生给你开具抗菌药处方。
6.用抗菌药期间，应注意卫生。正确洗手，尤其是上厕所、吃饭和做饭前后。彻底清洗水果和蔬菜，保证厨房清洁。
7.确保自己和家人按照卫生防疫部门要求接种疫苗。疫苗能预防某些细菌感染，如白喉、百日咳。如果怀疑自己对青霉素等抗菌药过敏，应咨询医生。研究显示，一些人将药物不良反应误认为是抗菌药过敏。排除抗菌药过敏有助于医生帮你选择更合适的抗菌药。