主要区别是，意思不同、用法不同、出处不同，具体如下：
一、意思不同
1、耸人听闻
指夸大或捏造事实，使人听到了感到震惊。
2、骇人听闻
意思是使人听了非常吃惊、害怕。
二、用法不同
1、耸人听闻
偏正式，作谓语、定语。含贬义。
2、骇人听闻
兼语式，作谓语、定语。含贬义。
三、出处不同
1、耸人听闻
清·夏敬渠《野叟曝言》第三十五回：“比较那史册上的朱云请剑，李膺破柱，更足耸人听闻。”
白话文：“比起那史册上的朱云拿剑和李膺破柱的程度，更加使人感到震惊。”
2、骇人听闻
宋·孟元老《东京梦华录·东角楼街巷》：“南通一巷，谓之界身，并是金银帛交易之所，屋宇雄壮，门面广阔，望之森然，每一交易，动即千万，骇人闻见。”
白话文：“向南通往一条小巷，都是金银布帛交易的地方，屋子很高大壮观,门面开阔，看上去很深不可测，每一次较易，动辄是千万两金银，使人看见、听到非常惊讶害怕。”
参考资料来源：百度百科-耸人听闻
参考资料来源：百度百科-骇人听闻