法律分析：如果手机是作案工具，那就应当没收；如果手机是涉案工具，扣押时，警方也应当出具扣押清单，案件结束后一般是会进行返还的。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第三百条 人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。
对于人民法院依照前款规定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。
第三百零一条 在审理过程中，在逃的犯罪嫌疑人、被告人自动投案或者被抓获的，人民法院应当终止审理。
没收犯罪嫌疑人、被告人财产确有错误的，应当予以返还、赔偿。