荞麦保纯的隔离方式，因种质资源、品种繁种量及授粉特点而采用不同隔离方式：（1）套罩隔离：用于甜荞。观察表明，始花前，用顶部两层纱布四周为塑料薄膜的套罩能达到隔离风力传播甜荞花粉粒，并隔离虫媒的效果。套罩呈“Π”形，高130cm，长100cm，宽60cm，用Φ8～10mm钢筋制成骨架。在套罩一侧留一个便于伸手操作长15cm左右橡皮筋封口的圆筒袖套，套罩的距离以1m左右为宜。
套罩隔离能保持品种纯度，适合于品种种类多、种子量不大的种质资源繁种，但应注意品种的敏感性、结实率和病虫害的防治。
（2）网室隔离：网室有活动式或固定式，可隔离繁殖较多甜荞种子，甜荞品种选育中的高代材料及原原种都可采用。网室网罩用100目以上尼龙筛网制作，用铁架支撑。网室大小一般为18～30m。网室间隔应在3m以上。
（3）空间隔离：空间隔离可繁殖大量甜荞品种种子，良种繁殖多采用。观察表明，风力传播的甜荞花粉的距离在1000m以上；昆虫传播花粉，飞翔能力最强的熊蜂类的距离可达4500m，故繁殖甜荞品种空间距离以4.5km最安全。如繁殖地有山谷、村庄、树林、建筑物等天然隔离条件，隔离距离可适当缩小。为保证种子纯度，隔离区四周不能种植不同品种并严禁放蜂。
（4）四倍体隔离：据ΦeceнкоH.B.研究，二倍体甜荞品种的花粉粒落在四倍体柱头上时，能以较快的速度生长，形成退化的不能结实的三倍体。四倍体和二倍体荞麦品种相邻种植时，四倍体甜荞品种的产量急剧下降，而二倍体品种的产量虽也有所下降但下降幅度比四倍品种要小得多。
（5）种植隔离：蒋俊方观察（1984），苦荞虽是自花授粉作物，自然结实率仅为85%左右，天然杂交率仍较高，不同品种相邻种植，也容易造成生物学混杂，为确保种子纯度，应进行种植隔离，一般品种间保持空间距离在30m以上。