第一步：取得业务主管单位的批文
根据要登记的层级和机构业务所属行业领域，与主管的政府相关科室直接沟通，向其口头介绍拟成立机构的基本情况，询问是否有作为自己业务主管单位的可能性。在没有被直接拒绝的情况下，业务主管单位会让撰写和提交一份详细的可行性报告，并填写业务主管单位申请报告和一些相关表格。
这份可行性报告十分重要，此后民政部门也要根据报告内容来核准注册。报告的主要内容包括机构成立背景、意义、必要性及可行性、宗旨和目的、业务范围、举办者、理事会和拟任法定代表人情况等基本信息，还有开办资金、办公住所、内设机构及职责、可持续发展能力、政府支持项目、成立后开展的公益活动、专职工作人员及工资情况、工作思路及工作规划等内容。
可行性报告涵盖了机构发展的基本框架，写好报告就要求对机构的主要事项十分明确，做好人员、资金和项目等方面的前期准备工作。要有固定的办公场所，买的或租的都可以。要有充足的资金，例如北京市一级的民非法人登记须50万以上的开办资金，区一级的最低3万，有的行业门槛更高。在有些专业领域，要求机构有一定数量的具有专业资格的工作人员，然后提交相关的资格证书。
把这些材料表格都填写完成后，交给业务主管单位进行逐一审核。如果审核通过，业务主管单位就会下同意批文。
第二步：接受民政部门的审查
将经审核的可行性报告和业务主管单位批文提交给民政部门，然后进行名称核准。在获得同意申请注册的批文后，到民政部门的网站上填报《登记汇报表》（与可行性报告内容相同）、《理事会组成人员基本情况表》、《民非法人登记申请表》、《民非章程核准表》、《民非负责人备案表》等表格，接受民政部门的预审查。其中，法人登记申请表需经当地派出所或人事部门盖章，然后将纸质原件提交给民政部门。还需要提交场所使用权证明、拟任负责人基本情况和身份证明、法人代表简历等材料。如果填写内容不全或无效，民政部门会通知你拿回去重新补正。
在准备材料的同时，民政部门的主管领导还可能会找你面谈，了解机构的基本情况。然后，民政部门要对你的机构进行现场考察，以便核实办公场地的真实性。
第三步：领取登记证书
如果机构通过了民政部门的以上各项审查，在10天之内，就能顺利拿到民政部门的批文。之后要去做验资，验资款须打入会计师事务所指定的验资账户，通常1天就能验资结束。然后，拿着所有最终定稿的纸质材料交到民政部门登记大厅，在15个工作日内就可以领取登记证书。
第四步：办理机构必备的各种手续
需要携带登记证书，到公安机关刻制印章，到技术监督局办理组织机构代码证后，再到各区的税务部门办理税务登记证，3天内去管辖税务所报道，税务专管员要现场核查地址，批准之后就可预约安装税控器和购买税务发票。然后去原验资银行开设机构账户，再回到民政部门把这些机构信息备案。
然后，带着相关手续到会计师事务所把验资款转入新设立机构的账户下。还需要购买票据，到财政部门领取捐赠票据，部分领域的民非要到业务主管单位领取专用票据。之后再去社会保障部门办理员工社会保险开户，如果员工人数少也可以选择人事代理。如果机构有收费项目，还要到物价部门办理收费许可证。
这些手续都办好后，机构就可以正式开始运转了。