产业集群存在周期性风险、体制与制度风险、竞争性风险以及政策性风险。集群负外部性主要表现为以下几个方面：
产业转移成本增加。随着集群规模的扩大，集群发展的时间越长，集群内的资产专用性越高。并且产业集群一旦形成就对某一地域产生了根植性，无法搬迁或复制，集群追随政策的灵活性较低，因而一旦一个地区的产业集群建立起来，它就会在收益递增条件下通过持续地因果积累作用而被锁定（王珺，2005），一旦产业政策导向发生变化，群转移的成本将非常高昂。比如广东省提出的“双转移”政策，对于规模较小的集群，船小好掉头，能很快完成转变，享受符合政策发展带来的利好。但是对于规模过大的集群，先期的沉没成本将成为集群追随政策的一大障碍，这一方面将导致政策难以贯彻实施，另一方面集群的产业结构也不能得到及时调整。在集群的衰退期，如果集群不能通过创新实现蜕变，则将不可避免地需要进行产业升级和转移，产业转移成本主要是在集群衰退期出现。
2、恶性竞争。企业集群较靠近市场组织一端，其最大的优势就在于因集聚带来的正外部性效应，在于集聚体内的企业能更好地应对多变的市场环境，但是组织协调不足则会使企业间竞争过度，造成资源浪费与集群的衰落。目前我国大部分产业集群仍主要依赖于低成本优势参与市场竞争，众多小作坊式的生产企业“各自为政”进行竞争，生产的产品档次低，产品技术含量低，模仿多于创新，产品雷同，在价值链中大都定位于价值量很低的加工制造环节，只能获得较低的附加值，存在“逐底”和“锁定”现象，这使得产业集群内的企业在短期内容易陷入价格的恶性竞争。集群成长期，企业为了在集群内确定自己的地位并占有尽量多的集群市场份额，容易陷入恶性竞争局面。集群衰退期，苟延残喘的企业为了生存，竞相压价，竞争局面混乱。
3、区域垄断。集群内部企业产业同构性严重，群内企业的生产活动存在很大的关联性，容易形成区域性垄断。对于产业集群来说，集群的内部可能能保持完全竞争，其对外部而言是垄断（黄中伟，2004），不利于公平竞争。成熟期的集群，群内企业力量对比已成定局，当内部机制能够对资源的群内分配进行公平协调时，一致对外成为集群企业默契，这个时期的集群很容易在价格、市场等方面结成同盟，垄断因此产生。
4、商业信用缺失对区域文化的不良影响。集群内社会文化特征是集群内有共同的文化背景和制度环境即根植性以及不可替代的社会资本。集群运行机制的基础是“信任和承诺”等人文因素，这种人文因素是维持集群内企业所形成的长期关系的纽带，使集群在面对外来竞争者时，拥有独特的竞争优势。随着集群规模的不断扩大，企业之间竞争非常激烈，特别是在金融危机的影响下，企业面临的生存环境非常恶劣，一方面需求量减少，另一方面又存在着企业基本的固定开支的刚性约束。为了成为数量众多企业中的幸存者，原有存在于集群内部企业之间的相互信任在互相刺探、互相提防的商业间谍大战丧失殆尽。原本灵活的赊欠、抵押、担保等多形式的交易手段，在彼此间的借贷难以兑现的情况下，众多企业被牵扯入“三角债”怪圈，企业的周转资金因三角债拖累而严重短缺。不信任的集群文化蔓延将对当地的道德信念和价值判断产生极坏的负面影响。在集群生命周期里，商业信用缺失与恶性竞争基本上在同一时段出现。
5、集群企业自主创新动力不足。一方面由于知识产权创新的保护力度不够，另一方面在单个企业研发资金缺乏的情况下集群组织还没有能够承担起研究的发起者和组织者，并且即使单个企业客观上即使能够承担成本，由于集群网络内信息的传递相对无障碍，在新技术、新产品开发上企业普遍存在“搭便车”心理，集群内的企业创新动力不足，大部分企业选择抄袭，小品牌抄大品牌，大品牌抄国外大牌，没有形成自己的真正的集群品牌特色。集群发展的初期，虽然企业的创新资金严重缺乏，但是一方面企业缺乏抄袭对象，另一方面，简单的抄袭并不能帮助企业赢得群内资源的支配权，因而企业的创新积极性较高。而在集群的成长期间和成熟期，一方面，当技术成为群内企业的“公共品”时，企业创新的内在动力将受到重创；另一方面，当群内已经确立了某个企业或者某几个企业的中心地位时，群内竞争力量悬殊，核心企业在缺乏实实在在威胁的情况下，创新缺乏外在压力。