W12与V12发动机在构造上存在显著差异。首要的区别在于它们的气缸排列方式。W12采用了独特的“W”型排列，包含12个气缸，而V12则采用了更为常见的“V”型排列，同样有12个气缸。这种布局的不同直接导致了两者在体积上的显著差别，W12因其紧凑的结构，体积相对较小，相比之下，V12因其较大的体积而显得更为厚重。
其次，W12的“W”型设计允许发动机舱更为紧凑，从而为全时四驱系统提供了更为便利的布局空间。然而，由于V12的体积限制，它通常采用前置后驱设计。值得注意的是，W12不仅仅是一个型号，它代表了大众汽车的一种独有技术。通过将V型发动机的每侧气缸进行小角度错开，便形成了我们所熟知的W型发动机。这种设计使得W12发动机不仅拥有更为紧凑的布局，而且在驱动系统的设计上具有更高的灵活性。