（1）预防消毒
这是结合日常生产管理，定期对养殖环境（水池、养殖笼筐、生产工具及周边环境等）及养殖生物进行例行性消毒。这种消毒没有明确的传染源存在，因此，所使用的消毒剂应是广谱的。
（2）临时消毒
亦称紧急消毒。在该地区、养殖场（池）内的养殖生物发生传染病，尤其是发生急性流行性传染病时，对疫源区及周边地区进行针对特定病原体所做的应急处理，目的在于及时将传染源排出的病原微生物清除或杀灭。它所用的消毒剂应是针对该疫源病原体的特效消毒剂，所用的浓度也较预防消毒要大，以期尽快切断疫源区向非疫区（场、池）的传播蔓延途径。
（3）终止消毒
疫情已被控制、病已痊愈、疫区封锁行将解除、生产即将开始恢复正常管理之前，为了彻底消灭该次引发疫病的病原体而进行的一次消毒，这是为防止疾病复发的消毒。这种消毒很重要，但却往往由于被忽略而造成疫病更为广泛的传播。
在鲍养殖业中，上述三种消毒中又分带活鲍消毒与无活鲍消毒。前者因在被消毒系统中有鲍的存在，因此，所选用的药剂、施用浓度、处理方法与处理时间等，都必须以不伤害养殖鲍为前提。对被消毒设备（池子、工具等），每次只能选用一种消毒剂。
详情常用的消毒方法大致可分为3类，即物理消毒法、化学消毒法和生物学消毒法。(1)物理消毒法:是指用物理因素杀灭或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。其特点是作用迅速、消毒物品不遗留有害物质。常用的物理消毒法有自然净化、机械除菌、热力灭菌