在FC游戏机、超级任天堂全盛时期时，史克威尔和艾尼克斯两公司立于任天堂第三方厂商的重要地位。尤其是史克威尔，有和与任天堂有深厚信赖关系的小学馆（GAME-ON！编辑部）合作企画制作出Live a Live，共同开发出使用了任天堂版权角色的游戏《超级马里奥RPG》等，彼此间维持着强力的信赖关系。
SQUARE因经营不善一度濒临破产危机， 正是由于横井的眷顾才有机会 为任天堂代开发《中山美穗的心跳高校》而得到了喘息机会，以后凭借着《FFI》逐渐走出了困境。GAME BOY发表后，出于投桃报李的考虑，SQUARE 立即宣布将原定FC-DISK SYSTE的《SAGA-魔界塔士》和《FF外传-圣剑传说》转移平台发售，由河津秋敏领衔的《SAGA-魔界塔士》是携带游戏平台首款RPG游戏，取得 了百万以上的惊人销量，该社自此逐渐在日本业界崭露头角。SQUARE在以后相当长时间得到任天堂的破格优遇，与横井军平的大力 提携也密不可分。
据说史克威尔对固执于容量限制严峻的卡匣式ROM的任天堂早在开发《超级马里奥RPG》以前就已经有间隙，然而在超级马里奥RPG发售后任天堂和史克威尔的信赖关系开始瓦解，于《宝藏猎人G》之后终止供给软件给任天堂的硬件。而在1996年，伴随着将《最终幻想Ⅶ》于PlayStation上开发贩售的发表声明，公开宣布和任天堂断绝关系。隔年，艾尼克斯发表将《勇者斗恶龙Ⅶ》于PlayStation上开发贩售，展示出家用游戏机业界的影响力，从以上事实可以证明当时两公司的地位之高。
由于史克威尔在电影事业上的失败，虽然已经决定索尼电脑娱乐（SCEI）的入股，然为了回复和任天堂断绝的关系和山内溥社长（当时）进行交涉。在此阶段谈判破裂了，不过之后透过任天堂开发部宫本茂的仲介，据说对于1996年以来的断绝关系达成了和解。关于和解的成立据说是由于山内退休影响到任天堂经营团队的态度软化，与任天堂为了争回被 SCEI 抢走的市场之想法。在DigiCube的股东大会上，出现“就算跪下来也要给我去和任天堂和解”的意见时，当时的取缔役据说回答了“下跪就能解决的话，要我跪几次都可以”。
（另外史克威尔在DigiCube破产前，以及在更早前就数度不当售出自家公司股票被东京证券交易所钉上调查过）
在2005年10月举行的任天堂会议中，发表了开发由史克威尔艾尼克斯，发售由任天堂负责，预定在2006年发售的任天堂DS《马里奥篮球 3on3》。其他另有在任天堂DS上发售游戏的计划在进行中，由史克威尔艾尼克斯提到“今后打算和任天堂密切合作下去”。2006年史克威尔艾尼克斯有多款适用于DS、Wii的游戏在开发中，也有发售像是FF3的畅销作品。曾一时断绝关系的任天堂和史克威尔（现在的史克威尔艾尼克斯），被视为再度步入了合作体制。
原微软（Microsoft）日本法人社长的成毛真担任史克威尔社外取缔役而搭建关系。
2001年，旧艾尼克斯、旧史克威尔、和NAMCO之间缔结了业务合作协定，艾尼克斯负责人福岛康博、史克威尔负责人宫本雅史、和NAMCO负责人中村雅哉之间互相持有各公司4～5%程度的股票。结果建立了史克威尔艾尼克斯的角色商品由NAMCO拿到夹娃娃机用途上做成商品等之合作关系。另有史克威尔的格斗游戏《Ehrgeiz》由NAMCO制作了街机版。另外在NAMCO的街机游戏《太鼓达人7》中，实现了使用勇者斗恶龙乐曲等的合作。
在最终幻想Ⅺ的一部份玩家之间被指摘的，玩家和经营侧的固执（玩家所追求的品质和营运侧所提供的大幅差异，营运侧对玩家的态度等），由于上述理由造成玩家向隅。此外在最终幻想Ⅳ Advance（以下、FF4）、FRONT MISSION5出现游戏BUG，尤其是FF4出现关系游戏进行的重大失误也没有做出软件修正或是交换回收等动作，被质疑没有尽到照顾顾客的责任。但是，这件事是‘史克艾尼’ 的其中一部份，而其拥有第1～第10的开发事业部存在，各自具有不同的特色也是史克威尔艾尼克斯公司的特征，所以无法一概评论“史克艾尼就是～”。
1999年，反史克威尔玩家所组成的史克扑（スク扑（史克威尔扑灭委员会））网站关闭。因为该网站服务器设置于大学里，当时的Yahoo！掲示板与周刊ASCⅡ等等媒体报道“史克威尔联络网站管理员的大学使其闭站”引发争论。（实际上虽然真的有联络，过度反应的学校方面做出删除网站/帐号的举动，这件事在后来由管理员所叙述）。当时站内所诞生出的表示史克威尔用的“■”记号在近年也在2ch等地方能看到。
