在脊推动物中，只有鱼类和圆口纲是终生用鳃呼吸的水生动物，但鱼类的鳃是由外胚层发生形成，圆口类的鳃起源于内胚层。鱼类一般具有5对鳃弓（少数鱼有6～7对），在咽部两侧各有5个鳃裂。鳃主要由鳃弓、鳃隔、鳃瓣等几部分组成。鳃弓起支持作用，它的内侧缘着生鳃耙，进出鳃的血管都从鳃弓上通过，鳃弓的外侧缘是鳃隔，鳃隔前后突起形成鳃经，无数鳃经紧密排列成栉状鳃瓣，鳃丝上的无数小突起称鳃小叶，是气体交换之处。鳃小叶上布满
毛细血管，血液最后流入窦状隙内，窦状隙的壁由
结缔组织组成，起支持作用，鳃小叶的表层为单层
上皮细胞，故鱼鳃呈鲜红色。硬骨鱼类的鳃较原始，鳃裂开口于体内，鳃隔发达，前后各有1个半鳃，这两个半鳃总称全鳃，外侧有鳃盖保护，鳃盖下面的内侧为鳃腔或鳃室，以一个总鳃孔向后开口于体外。鳃盖后缘延伸有柔软的鳃盖膜，能将鳃孔紧紧地封住。
软骨鱼类有4个全鳃，1个半鳃，共九对半鳃，无鳃盖。
鱼类除用鳃呼吸外，还有辅助呼吸的器官，如泥鳅等利用肠吞入气体行肠呼吸；
弹涂鱼、鲇鱼等能进行皮肤呼吸；黄鳝等能利用口腔呼吸；
乌鱼、胡子鲇等能进行褶鳃呼吸；肺鱼等用鳔呼吸。鱼类有两个鼻孔，但不通口腔（仅肺鱼和总鳍两个亚纲除外）。
鳔是胚胎发育时从消化区分出来的，位于体腔背面消化道与肾脏之间的一膜状束，形状据各种鱼而异，有一室、二室或多室。鳔的主要机能是调节鱼体的沉浮或停留在一定的水层，当鳔体积膨胀增大，鱼体在水中比重变小，鱼则上浮，当要停留在一定水层时，鳔就需放出部分气体。当鳔体积减小时，鱼体在水中比重加大，鱼下沉。由浅到深需停留在一定水层时，就需要吸进一部分气体。总之，鳃内气体的增减与水中的压力有关。鳔体积的改变是一个比较缓慢的过程，故无鳔鱼类只宜生活在比较固定的水层中。生活在深海、急流中或营底栖生活，或游速特快的鱼等，鳔对它们的生活已失去了作用。例如游速很快的鲨鱼、
鲐鱼、金枪鱼等就没有鳔。因此，它们必须始终保持运动状态，须停息只能在水底。鳔的另一动能是进行气体交换，软骨鱼类和少数硬骨鱼就是用鳔协助呼吸，例如非洲的多鳍鱼，在旱季时，就用1对类似肺的鳔进行气体交换。肺鱼、
雀鳝等也能用鳔呼吸。