小瓜虫病是引起的原因鱼鳃、皮肤上皮细胞因为虫体的入侵常常增厚，其结果是妨碍了鳃丝对氧的摄入，鳃丝、鳃片的变形也限制了氧气的流通，虫体寄生占据空间也妨碍鳃丝上氧气的通过，这些都对鱼的呼吸形成障碍。
鳃上皮的脱离也可以导致鱼体的电解质、营养物和体液的丧失，使鱼体营养失调、渗透体系受到破坏，再者就是细菌和真菌也容易继发感染。
一是加温治疗：根据小瓜虫不耐高温的特点，提高水温至28度(小瓜虫在水温25度以上不易繁殖，28度开始死亡)，予以防治。数天后小瓜虫胞囊就会逐渐破裂脱落，这时更换新水，保持水温恒定，病鱼基本功就会痊愈。如再辅以药物治疗，治愈率可达90%以上。
二是中药治疗：A、用土荆芥29%、苦楝叶43%，野芋叶14%，紫花曼陀罗14%，混合煎汁至原药量的2倍，浸洗病鲤可杀死小瓜虫。B、每立方米水体用大黄1.5克，野菊花干品1.5克，煎汁全池泼洒，连用3天，可杀灭小瓜虫。
三是用冰乙酸200～250克/立方水浸洗病鲤15分钟，可杀死鱼体上的小瓜虫。
四是在溶水量50千克的水族箱中放入黄豆粒大小的呋喃西林粉，稀释后泼洒于水中，药浴病鱼。
五是将新砖放入尿液中浸泡24小时，取出晾干(古时称尿砖)，放入病鱼的缸中，数日后就能见效。