分两种情况：
公司实际员工为三人，个税申报系统只申报了三个人，凭证按19人工资做，则相当于企业做多了工资成本在企业所得税前扣除了，变相的少交了企业所得税，算是偷税漏税行为，根据征管法第六十四条规定：纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
公司实际员工为19人，系统只申报了三人，则是企业未履行代扣代缴义务，根据征管法第六十九条规定：扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。