一、顺序不同：
声母表顺序为：b
p m f d t n l g k h j q x zh ch sh r z c s y w。
字母表一般是指汉字音序表。
音序表顺序为：A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z。
二、定义不同：
声母：汉语普通话中,一个汉字的读音就是一个音节.例如“我的书”写下来是三个汉字,读起来就是三个音节wǒdeshū.汉语的音节包括声母、韵母和音调三部分。
“声母”是音节开头的辅音.“大”的声母是d,“小”的声母是x.有的音节以元音开头,没有声母,如：安（ān）、鹅（é）,这样的音节又叫“零声母”音节.汉语普通话的声母共有21个.它们是b、p、m、f、d、t、n、l、g、k、h、j、q、x、zh、ch、sh、r、z、c、s。
三、起源不同：
声母的起源
古代，中国的回族兄弟不学汉字，学习阿拉伯语，但他们用阿拉伯文的字母来拼写口语（汉语），所以这是中国最早的拼音。
元朝，蒙古统治者用改变了的藏文的字母来拼写汉语等语言，叫八思巴字。虽然不是专门拼写汉语的，但是，也算汉语拼音的一种吧。
明朝，西方传教士用拉丁字母拼写汉语，是中国最早的拉丁字拼音。
清末明初，出现了用简单的古字表现汉语语音的拼音方式。民国年间，政府制定了“注音字母”，就是这个系统的集中表现。现在台湾依然使用。
共和国成立后，立即由政府制定了“汉语拼音方案”，就是现在使用的这一套方案。联合国也承认的。
字母起源
字母文字，几乎都可追溯到腓尼基字母，如希伯来字母、阿拉伯字母、希腊字母、拉丁字母、梵文字母、满文字母等。腓尼基字母可说是拼音文字的起源，也是除了中文及相近语言（如：谚文、假名）外，现今众多书写体系的起源。
拉丁字母表中的每个字母一开始都是描摹某种动物或物体形状的图画，抽象而成的符号。与汉字不同的是，这些符号和原先被描摹之实物的形状几无相似之处。
一般认为希腊字母乃西方所有字母，包括拉丁字母的始祖。其实希腊人的字母又是从腓尼基字母借过来的。
参考资料来源：百度百科-字母
参考资料来源：百度百科-声母