我国正处在经济发展的高速增长期，对自然资源的掠夺性开采和不合理利用，使资源、生态和环境问题日益严重，土壤侵蚀，土地退化、沙化，湿地、绿地减少或消失，草场承载力下降等问题已在我国西北、华北、东北大部分地区广泛出现，成为影响我国可持续发展的主要障碍之一。尽管遥感和GIS在生态环境领域已有了大量应用，做了很多工作，但研究的手段还很不完善。前生态遥感监测系统存在的主要问题有:
(1)遥感和GIS不能有机集成。无论使用哪一种图像处理软件进行分类获得专题信息，在图像处理平台下编辑都是很困难的事情。自然界普遍存在同物异谱和同谱异物现象，即使分类精度再高的软件也不可能达到100%的准确，也需要人为编辑修改。其次，图像处理软件仅仅是获取信息的工具，大多数都不具有分析功能，需要到GIS平台下才能进行空间分析，而GIS系统又缺乏遥感影像处理能力，因此给实际工作带来很多困难。如何把遥感和GIS有机结合在一起，成为一个完整的系统，是当前遥感和GIS界一项极富挑战性的任务，是有待进一步研究的领域。
(2)影像信息提取技术是利用海量遥感数据来更新和生成GIS的瓶颈。目前目视解译仍是遥感图像信息提取的主要手段，需要耗费大量的人力操作和长时间的工作周期。新型影像数据的产生也对自动分类技术有着极大的需求。因此，发展自动化提取技术和专家系统技术，将成为未来几年内遥感信息提取研究重要的目标。
(3)生态环境研究多学科、多时空尺度的特点和遥感、GIS技术的引入，使生态环境数据来源复杂多样和巨量化。如果建立大尺度、大比例尺的数字流域系统则更是海量数据，如何组织海量的数据是系统成败的关键。从目前的应用来看，在系统中对数据之间的逻辑关系分析、流程关系分析和数据的图层关系分析还有待进一步研究。
(4)在网络应用环境下，各种软件、工具和数据库不能很好地集成，需要在应用系统框架下取得各项技术及系统集成的整体性突破，而在这一方面研究还比较少。
(5)现有的图像处理和GIS商业软件都是面向专业人员，普通用户很难方便运用。另一方面，研究开发的系统和实际需求差别较大，应用模型开发少，导致建设的系统多，实际运行的少(郁文贤等，2004)。如何构建面向用户，完成从RS到GIS一体化的，操作简单、使用方便的业务化运行系统，推动遥感与地理信息系统的平民化使用，具有强烈的社会需求。
(6)如果没有比较完善的数据和信息共享政策，容易导致盲目的数据壁垒，造成许多数据不能充分利用，或者导致数据采集的低水平重复工作。现在，虽然也开发了许多生态环境数据的Internet网上查询工作，但是并不是所有生态环境数据和信息都可以自由共享，这其中涉及了许多数据和信息所有权和使用权的问题。将生态环境数据和信息进行分类和用户分级，采用合理的数据发布方式，进行多层次数据共享，对于系统的开发和发展都是非常重要的。