法律分析：员工生病住院是不用扣工资的，根据相关法律规定劳动者患病或者非因工负伤的，在病休期间，用人单位应当根据劳动合同或集体合同的约定支付病假工资。用人单位支付病假工资不得低于本市最低工资标准的80%。当然全勤奖金以及其他的补助等是不会发放的。病假工资的支付标准是：工龄不满2年者，为本人工资60%;已满2年不满4年者，为本人工资70%;已满4年不满6年者，为本人工资80%。
法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》 第五条 企业职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
《中华人民共和国劳动法》 第四十九条 确定和调整最低工资标准应当综合参考下列因素：（一）劳动者本人及平均赡养人口的最低生活费用；（二）社会平均工资水平；（三）劳动生产率；（四）就业状况；（五）地区之间经济发展水平的差异。