第一，适用的对象不同
前者适用于审计某类交易的发生情况，交易的实质性测试主要是针对购货交易、销货交易、筹资交易、投资交易它是针对这些交易而言的。主要与利润表有关；后者适用于账户余额，如应收账款、存货等，主要与资产负债表有关。而余额的实质测试是具体到某一个账户某一个项目上，它是否是真实的是否是恰当的。所以我们一般作了交易实质测试以后，如果认为它的固有风险和控制风险是比较高的。还要作余额的实质性测试，往往更相信余额的实质测试，只有在固有风险和控制风险比较低的情况下，我们作交易的实质性测试比较满意，我们可以少做甚至不做余额的实质性测试。它们两的性质有很大的区别。在审计实务当中你选择交易的实质性测试还是余额的实质性测试就要看你对固有风险和控制风险的评价结果如何。
第二，具体审计目标不完全相同
交易测试的目标是交易是否发生、记录是否完整、估价或分摊是否正确，一般不适用“权利和义务”、“表达与披露”(除关联方交易外)的认定。而余额测试的目标则包括后二项。
第三，审计程序(方法)不尽相同
这主要是由审计目标的不同决定的。执行交易测试程序的目的是为了获取某一账户部分或全部借贷发生额的证据，以便利用这些证据对该账户余额作出结论，故多运用审阅法、复核法、穿行测试法等，账户余额测试是直接获取有关账户余额的证据，而不是从构成余额的单个借贷发生额取得证据，主要运用盘点法、函证法。
第四，适用的范围不尽相同
业务循环审计
通常对交易的测试可以与符合性测试一并进行，称双重目的测试，比如，将某项交易的销售发票与销售单价相核对检查二者是否相符、手续是否齐备等，属于符合性测试程序，但它同时为证明这一交易是否确实发生提供证据，因而又属于交易测试；而余额测试通常要与分析性测试程序相配合。因此，通常当被审计单位内部控制较差、不打算进行符合性测试或交易业务量较少时，较多地执行交易测试，而当符合性测试表明被审计单位内部控制较好、交易业务量较多时，执行余额的实质性测试。
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审计专业判断是审计人员为了实现审计目标，依据审计法律法规及相关标准，在审计实践和感性认识的基础上，根据自己的专业知识和经验，对客观审计对象和主观审计行为做出的合理的专业认定、评价和决策。
一、审计专业判断的特征
1.审计专业判断与会计事项的确认和计量的不确定性密切相关。随着社会经济的发展和改革的不断深入，会计核算对象不断发生变化，知识、信息和人力资源等无形资产逐渐超越了传统意义上的资本和劳动力两大生产要素，成为会计核算的重点。同时，会计对资金运动的揭示，也由事后向事中甚至事前变动。所有这些变迁都意味着会计确认和计量的对象在质和量上都存在不确定性。对于审计来讲，这种不确定因素越复杂，就越需要审计人员以专业的水平和眼光做出合理判断。
2.审计专业判断与审计人员综合能力密切相关。良好的专业判断能力是审计人员职业关注、专业修养、技术能力集中体现出对审计线索的敏感意识和发现能力。审计人员对审计对象的判断过程是相当复杂的，不仅体现审计人员的专业知识和专业水平，更多体现审计人员的综合能力。审计是一门技术，是一个充满肯定与否定的判断思维过程。在这样一个判断思维过程中，如果没有扎实的专业基础、高度的职业敏感以及明察秋毫的洞察力，就难以做出正确的判断。
3.审计专业判断具有主观性本质属性。审计人员实施审计时，应当对审计工作中的重要事项以及审计人员的专业判断进行记录，编制审计工作底稿。明智公允的专业判断是审计人员对重要审计事项在合理认知预测基础上做出的准确而科学的审计决策，意味着审计人员所选择的审计方法和决定采取的审计程序，能够节约审计成本，规避审计风险，提高审计质量，实现审计目标。反映在审计活动中，审计人员的知识、经验乃至性格、习惯、心态等个人因素都会被带到审计专业判断过程中，从而影响审计专业判断的结果。
4.审计专业判断具有相关性特征。审计人员在审计过程中需要做出一系列重要的专业判断，具体表现在：在审计计划阶段，对审计风险进行评估，制定并实施相应的审计程序，对重要性水平做出初步判断以确定所需审计证据的数量；在审计实施阶段，如审计抽样的样本选择，抽样结果的可信赖程度，审计程序能否实现审计目标，以及已获取审计证据的充分性、适当性、符合性测试和实质性测试的性质、时间、范围等等做出合理的专业判断。在审计终结阶段，实施最后的质量控制，在复核审计工作底稿，发表审计评价意见，定性、处理、处罚等环节，需要运用审计人员的专业判断。审计专业判断的正确与否，直接关系到审计事项结论、审计意见及审计决定的正确与否。
5.审计专业判断具有重要性和高风险性特征。现代风险基础审计中抽样技术和方法被广泛应用，审计对象样本的覆盖面缩小，审计抽样风险增大，非抽样风险依然存在，审计已不可能对审计对象的真实面貌做出完整的评价，需要审计人员更多地运用专业判断。为了规范在审计过程中运用审计抽样方法，提高审计效率，保证审计质量，我国制定的《审计机关审计项目质量控制办法（试行》以及多项审计具体准则都规定审计人员应当运用专业判断。可以说，运用抽样技术和方法进行审计时，审计专业判断是保证审计质量、实现审计目标的重要技术手段。
受到判断主体、判断客体和审计环境等多方面的影响，不可能保持百分之百地准确。主观上，专业判断受审计人员智力、经验、能力和责任心因素的影响；客观上，专业判断会受到审计对象的复杂程度、审计内容的广泛性以及被审计单位内部控制制度严密性等因素的影响；在审计环境上，则会受到审计组人员配备、工作条件、被审计单位和有关单位配合情况以及外界干预情况等各因素的影响。一旦判断失误，将直接影响到审计报告的信息质量，进而影响到审计报告使用者的决策正确与否，势必引发审计风险。
二、提高审计专业判断能力的因素
1.审计机关和审计人员高度的独立性。独立性是审计的灵魂，它要求审计机关和审计人员一方面要与被审计单位保持形式上的独立，另一方面，也要保持不偏不倚的客观态度，从而实现实质上的独立，使得审计专业判断不受外部因素的干扰和影响,更加有利于审计评价保持客观和审慎。
2.审计队伍的整合协同能力。面对重大或复杂的审计任务，审计机关需要打破职能部门的业务界限，或组织下级审计机关整合审计力量联动协同作战。最大限度地发挥审计专业判断的整体功效，充分发挥不同个体的专业思维优势，取长补短，相互协调,快速实现审计目标。
3.审计人员要具有坚忍不拔的工作毅力和清明廉洁的工作作风。为了获取充分的审计证据，特别是在取证困难的情况下，没有锲而不舍的精神和坚忍不拔的毅力是难以完成任务的。同时，审计取证过程中审计人员要经得起各种诱惑和考验，自觉抵制有关方面的拉拢腐蚀，保证审计专业判断思维在审计职业道德框架内有序进行，做到清正严明、廉洁自律。实践表明，锲而不舍的敬业精神、坚忍不拔的工作毅力、清明廉洁的工作作风是审计专业判断取得功效的精神保证。
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内控测试审计程序含有若干业务循环，通过实施内控测试审计程序，主要是得出报表单位内控制度是否健全，运行是否有效，是否得到执行的审计结论，其结论是内控制度是否得到遵循。
实质性测试审计程序是核实全部报表数字是否真实，由于此程序是建立在已经实施的审计程序后面的，所以受到其他程序结论的影响较大。如果内控测试结论均是肯定的，此程序工作量就小，反之，就要极大地增加此程序的工作量。此程序的结论是数字是否可以确认。
另外，注册会计师的“审计”单指会计报表，而不是指任何其他东西，既不是指人，也不是指物。
注册会计师的“结论”单指内控制度是否得到遵循和报表数字是否可以确认。
注册会计师的“审计意见”单指会计报表是否按照标准编制和资产状况、经营成果是否公允反映实际情况。
内控测试审计程序含有若干业务循环，通过实施内控测试审计程序，主要是得出报表单位内控制度是否健全，运行是否有效，是否得到执行的审计结论，其结论是内控制度是否得到遵循。
实质性测试审计程序是核实全部报表数字是否真实，由于此程序是建立在已经实施的审计程序后面的，所以受到其他程序结论的影响较大。如果内控测试结论均是肯定的，此程序工作量就小，反之，就要极大地增加此程序的工作量。此程序的结论是数字是否可以确认。
另外，注册会计师的“审计”单指会计报表，而不是指任何其他东西，既不是指人，也不是指物。
注册会计师的“结论”单指内控制度是否得到遵循和报表数字是否可以确认。
注册会计师的“审计意见”单指会计报表是否按照标准编制和资产状况、经营成果是否公允反映实际情况。
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业务循环审计和报表项目审计，不是注册会计师的语言，审计准则没有“业务循环审计”和“报表项目审计”，只有实施内控测试审计程序和实施实质性测试审计程序。
内控测试审计程序含有若干业务循环，通过实施内控测试审计程序，主要是得出报表单位内控制度是否健全，运行是否有效，是否得到执行的审计结论，其结论是内控制度是否得到遵循。
实质性测试审计程序是核实全部报表数字是否真实，由于此程序是建立在已经实施的审计程序后面的，所以受到其他程序结论的影响较大。如果内控测试结论均是肯定的，此程序工作量就小，反之，就要极大地增加此程序的工作量。此程序的结论是数字是否可以确认。
另外，注册会计师的“审计”单指会计报表，而不是指任何其他东西，既不是指人，也不是指物。
注册会计师的“结论”单指内控制度是否得到遵循和报表数字是否可以确认。
注册会计师的“审计意见”单指会计报表是否按照标准编制和资产状况、经营成果是否公允反映实际情况。
业务循环审计，是指注册会计师按照业务循环了解、检查和评价被审计单位内部控制建立及其执行情况，从而对其会计报表的合法性、公允性进行审计的一种方法。采用业务循环审计的目的在于保证审计质量、提高审计效率。因为业务循环审计不仅可与按业务循环进行的内部控制直接联系、加深审计人员对被审计单位经济业务的理解，而且便于审计人员的合理分工，将特定业务循环所涉及的会计报表项目分配给一个或若干个审计人员，能够使他们对不同会计报表项目进行交叉复核，以提高审计工作的效率和效果。