可以，非深户，如果其港澳通行证不是在深圳办理的，不支持自助签注机办理签注业务。如果港澳通行证属于深圳出入境办理的，就可以到自助签注机上办理签注业务。在深圳办理的，但先必须在网上进行申请，申请审核通过后，会下发短信通知你可以到自助机上打印就可以了。
限制条件：
1、不得同时持有两本（含两本）以上有效《往来港澳通行证》，不得同时持有两个（含两个）以上同一前往地的有效签注；
2、在深圳连续缴纳社保时间满一年或在深圳高等院校上学的非深户大学生；
3、不属于登记备案国家工作人员，法定不准出境人员、不属于限制赴香港或者澳门人员、没有其他不予批准的情形。
首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
自受理之日起10个工作日（首次或非首次申请）。但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。《往来港澳通行证》每本80元；一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。
扩展资料：
签注有效期
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
签注有效期的解释
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
办理流程
续签
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。（不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签，如江苏连云港市）
自受理之日起7个工作日。一次往来签注每个20元；二次往来签注每个30元。
注意：《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
代办
若是首次申请办理港澳通行证需要携带本人身份证以及照片；若非首次申请，则需带好本人身份证及前一次办理的通行证，如请人代办还需携带代办人身份证。
参考资料来源：港澳通行证_百度百科
1、如果港澳通行证不是在深圳办理的，不支持自助签注机办理签注业务。
2、如果港澳通行证属于深圳出入境办理的，就可以到自助签注机上办理签注业务。
目前广东地区的广州，深圳对非广州，深圳户口的人员可以办理港澳通行证，但是需要提供深圳居住证及一年以上的社保。具体可以到广东出入境官方网站上了解。
港澳通行证简介：
港澳通行证（全称：中华人民共和国往来港澳通行证）俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。来港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的签注（如团队旅游、个人旅游、商务或其他签注等）。2014年5月19日，公安部宣布在广东试点启用电子往来港澳通行证；从5月20日开始，广东居民可申领和换发内存有数字化的个人资料和指纹信息的电子通行证，使用口岸自助查验通道实现自助通关。中国公安机关出入境管理部门自2014年9月15日起全面启用电子往来港澳通行证（即2014版往来港澳通行证）。
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