牛顿信仰的上帝,被称作自然神论,强调上帝创世是创立了一套规则,世界依此规则运行,上帝创世之后,便不再干预。也就是说,以我们现在的认知水平,上帝就是在宇宙大爆炸时的那一个Governing Equation。这种思想体现在爱因斯坦身上,就是他对大一统理论的执着。牛顿晚年的神学研究,也是基于他的力学体系去证明上帝的存在。一个可以被人类的知识体系去描述和归纳的上帝,你确定这还是亚伯拉罕诸教信仰的YHWH?今天全世界有多少基督教徒能够接受,上帝是可以被人类定义,并且可以被写成一串人类的数学语言组成的方程?
自然神论自17世纪被赫伯特提出以来,所代表的观念就是尊重客观规律而不是主观上的神,认为神也是符合客观规律的。自然神论反对预言,反对神迹,反对教条式地迷信所谓的天启经典。其背后的本质,恰恰是科学家和唯物主义者对传统一神教的一种挑战与改造
现代基督教保守派,一方面承认牛顿晚年的神学研究,鼓吹科学家终归信神的都市传说,一方面又对这些研究背后的唯物主义思想和这些科学巨匠们对人类认知能力的强烈自信闪烁其词,对这些巨头的神学思考避而不谈,恰恰反映出宗教保守人士面对现代科学的深深不安与无力。