《EVA终》即《新·福音战士剧场版：终》中男主真嗣没有结婚，但是和真希波玛丽在一起了。
电影最后在车站的画面中真嗣主动牵起玛丽的手一起跑出了车站。真嗣最后选择的对象既不是很像自己母亲的绫波丽，也不是跟自己相处时间最多的明日香，而是在新版的《EVA》里面才出现的角色真希波玛丽。
绫波丽是明日香助手一般的人物，明日香属于“莽”的类型，而绫波丽则是属于“智”的类型。真嗣跟明日香其实是有共鸣的，只是两个人的做事方式造成了两个人的疏远。真嗣喜欢明日香可是也很讨厌明日香，因为明日香从来都是想要改变别人的，却从来不想着改变自己。
《EVA终》的基本剧情：
1、巴黎作战
在赤红的、荒废的巴黎，以Wunder为中心的WILLE派遣由赤木律子率领的作业人员试图进行复原作业。
真希波驾驶EVA8号机成功消灭前来袭击的NERV的航空特化型“EVA 44A”、阳电子炮装备陆地型“EVA 4444C”以及电力供给特化型“EVA 44B”。最终成功将巴黎从L结界复原并启动原NERV欧洲设施，取得8号机和2号机改造零件。
2、流浪
接续福音战士新剧场版：Q结尾，失去生气的碇真嗣继续与明日香和绫波丽到处于赤红大地流浪。
3、第三村
碇真嗣与明日香和绫波丽抵达第三村，第三村位于14年前近第三次冲击后生还的人避难的村，在村中他们与相田剑介及已成婚的铃原冬二及洞木光重遇，确认他们于近第三次冲击生还。
4、南极决战前
碇真嗣与明日香重返AAA Wunder，并再次见到铃原樱。
同时AAA Wunder于卫星轨道准备与NERV最后决战以阻止NERV发动最终冲击及人类补完计划。制作了“停止信号プラグ”用作令Eva第13号机无力化，同时为“改2号机”及“8号机”也被升级为“新2号机”及“改8号机”。
另一方面，NERV把作为总部的黑之月由箱根移动到第二次冲击所在地南极，作为NERV与Wille最终决战的阵地。