卡组细分为三种——主卡组，副卡组和额外卡组。
主卡组可放入怪兽卡、魔法卡、陷阱卡以及灵摆卡和仪式怪兽，至少40张，至多60张。
副卡组可放入的卡和主卡组一样，是方便于双方玩家在三局两胜制的游戏中间更换卡组，用副卡组里的卡加入副卡组。上限是15张。
额外卡组可放入融合怪兽、同调怪兽和XYZ怪兽以及少数的灵摆-同调怪兽(上白下绿)、灵摆-XYZ怪兽(上黑下绿)以及在战斗中破坏的灵摆怪兽。这样的灵摆怪兽会以正面朝上的形式加入额外卡组。上限是15张，但是在游戏过程中，破坏的P卡仍然会放入额外卡组，也不会受到15张上限的限制。