宠物呼吸麻醉机的操作流程应当谨慎进行，特别是在宠物自主呼吸的情况下。操作时需确保医生具备一定的临床麻醉经验，对麻醉机的使用熟练掌握，并能监测血压、血氧及心电等参数。
首先，确保室内温度在17至25摄氏度之间。第一步，连接氧气输气管，先开启氧气瓶的大表，再开启氧气减压表的小表，调整压力至0.4至0.45Mpa。第二步，连接好麻醉机的呼吸管路，Y型三通和直角拐头末端应接上呼吸囊。检查蒸发器内的麻醉药量，确保足够维持手术。进行整机气密性检查。
将吸收回路的“机控/手控”开关设定为手控状态，检查“APL阀”是否处于半开放状态。调节流量计，保证手动皮囊在动物吸气时不瘪，呼气时不胀。打开蒸发器，并将其调整至最大值，即3%VOL。流量计应调至2.0升/分钟，工作30秒后开始动物诱导麻醉。
麻醉气管插管后，打开蒸发器开关，设定浓度为3%VOL，观察麻醉深度。进入麻醉维持期时，调整流量计到合适值，蒸发器浓度也要适当调节。当麻醉稳定后，手术开始。手术缝合完毕前5分钟，关闭蒸发器浓度，保持其他参数不变。
若宠物自主呼吸能力强，可进行气管拔管。最后，关闭气源，先关闭氧气瓶的大表，再关闭氧气减压表的小表，按下快速供氧，放掉机器中的多余气体。此方法无需电源即可完成麻醉操作。
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