第1个回答 2022-06-23
我们将常见转录组测序的样品分为五大类： 植物、动物、血液、微生物和互作类型 ，不同的类型对于取样方法和要求不尽一致，下面就一一介绍一下。
1. 植物组织 ：植物组织一般要求重量大于 4g。首先我们要准备好液氮预冷的无酶管，并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理，尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集，然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗，吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻（时间不要太短哦），待彻底冷冻后，转移至-80℃冰箱保存。
2. 动物组织 ：送样的重量一般要求在 2g以上。若在实验室中取样，做好器械的消毒和去RNA酶处理的前期工作后，迅速进行取样。取下的样品用RNase-free水迅速进行冲洗，吸干表面水分，放入预先放置在液氮中预冷的无酶管中，速冻一段时间，转入-80℃冰箱保存；对于野外采样，无法携带液氮等情况时，可以使用RNA保护剂。用RNase-free水对样品表面进行快速清洗，然后迅速切割成规定的大小（约黄豆粒），将样品完全浸没在RNA保护剂中，可以置于4℃中过夜（使保护剂渗透进组织中），转移至-80℃冰箱保存。
3. 细胞样品 ：转录组测序中，细胞一定要达到足够的数量，以保证抽提的RNA的量。所以对于培养的细胞系，首先要确定细胞数量（建议5×10^6以上）。首先对收集好的细胞用1×PBS清洗几遍，贴壁培养的先用少量胰酶消化一下（切记不要消化过度），离心，弃PBS，加入适量的Trizol裂解液并反复吹打混匀，直至形成清亮透明的液体，转移至无酶管中，放-80℃冰箱保存。细胞量比较少的话，可以联系我们的技术同事，来针对性给出合理化建议以便RNA抽提。
4. 血液样品 ：血液样本一般要求2ml以上。当然我们要区分全血、血浆还是血清，不同的样本因为自身特性不同需要区别对待。
全血样品记得一定要用 抗凝采血管采集 （不推荐肝素抗凝管，可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管），采血后轻轻倒转采血管混合4~5次，使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管，按照每250ul/管分装，加750ul(即三倍体积)的Trizol LS（家禽、鱼类等红细胞有核物种，按照 1:8 或 1:10 比例添加 Trizol LS/Trizol），混匀。液氮速冻后，放-80℃冰箱保存。每个环节尽可能的快速完成，避免RNA的降解。
血浆样品，要使用 抗凝采血管采集 ，采集后颠倒混合，放于4℃静置分层或离心分离出血浆，分装，置于液氮速冻，放-80℃冰箱保存。
血清样品，使用 不加抗凝剂的采血管 采集全血，于4℃静置分层或离心分离出血清，分装，置于液氮速冻，放-80℃冰箱保存。
5. 微生物样品 ：如果是液体培养的微生物，可取适量的菌液离心去上清，之后将沉淀收集起来放入液氮速冻一段时间，或加入Trizol进行裂解（革兰氏阳性菌需要先研磨），之后样品转移至-80℃冰箱保存。
如果是固体培养基上的真菌，取足量的菌丝体放入无酶管中进行液氮速冻，或加入适量的Trizol进行裂解，之后转移至-80℃冰箱保存。
6. 互作样品 ：尽量选取病灶部位进行取样，取样前确认取样的部分没有污染或者杂样。可通过qPCR，显微镜观察或者生理生化表型等方法确定侵入种的占比，选择合适的侵染时期进行研究。取样方法参考前文内容。
转录组测序实验中，常见样本的取样方法已经罗列出来，对待RNA的抽提，我们一定要尽量保证样品的新鲜，即取完样即刻抽提，这样能保证我们的转录组测序的数据更加接近样本的真实状态，也更利于我们的实验研究。