与法治精神相悖
收容教育制度的调查、决定、执行均由公安机关通过行政程序完成，未经司法调查程序和控辩式的法律审理，就长时间剥夺当事人的人身自由，明显然违反法律精神，违反宪法中关于公民人身自由的相关规定。
与上位法冲突
1、《宪法》第5条2款规定“一切法律、行政法规和地方性法规都不得同宪法相抵触。”第33条3款中明确规定“国家尊重和保障人权。”第37条规定“中华人民共和国公民的人身自由不受侵犯。任何公民，非经人民检察院批准或者人民法院决定，并由公安机关执行，不受逮捕。禁止非法拘禁和以其他方法非法剥夺或者限制公民的人身自由，禁止非法搜查公民的身体。”因此，收被容教育的人员未经审判，而被行政机关剥夺自由、被监禁，明显违宪！
2、2000年颁布的《立法法》第8条规定，”对公民政治权利的剥夺、限制人身自由的强制措施和处罚，只能制定法律“。按照该法第9条的规定，如果第8条规定的事项尚未制定法律的，全国人民代表大会及其常务委员会有权作出决定，授权国务院对其中的部分事项先制定行政法规。但是，这一授权不包括限制人身自由的强制措施和处罚等事项。
3、2011年，《行政强制法》出台，第10条明确“行政强制措施由法律设定”。与此类似，2009年出台的《行政处罚法》也提出，限制人身自由的行政处罚只能由法律规定。
法律界普遍认为，根据“新法优于旧法”、“上位法优于下位法”的法理原则，随着《立法法》等法律出台，《卖淫嫖娼人员收容教育办法》应自动失效。
执行过程中的争议
1、执行标准不一，容易造成执法随意、选择性执法。
《卖淫嫖娼人员收容教育办法》第7条：对卖淫、嫖娼人员，除依照《治安管理处罚法》第66条的规定处罚外，对尚不够实行劳动教养的，可以由公安机关决定收容教育。在法律条文中，“可以”一词，通常被理解为“可以这样、也可以不这样”。
同时，由于新颁布的《治安管理处罚法》中有了关于卖淫嫖娼人员的明确处罚规定，使得公安机关在实际执行过程中，对于是否应该按照《卖淫嫖娼人员收容教育办法》进行六个月到两年的收容教育，还是按照《治安管理处罚法处罚》进行不超过十五天的治安拘留或罚款，出现了执行标准不一，甚至出现了选择性执法，继而成了少数人腐败的工具：与公安人员有良好关系的嫖娼卖淫者，可能就不被收容教育，仅仅是罚款或者拘留；没有良好关系的，就可能成了被收容教育的对象。嫖娼卖淫人员能够缴纳罚款的，可能就不被收容，交不出罚款的，就要被收容。少数执法人员人以此相要挟，收取高额罚款，敲诈勒索。
2、权利封闭运行，滋生腐败。
由于收容教育不涉及检察院、法院等环节，往往是公安机关决定，权力的封闭运作容易滋生腐败空间。是否进行收容教育以及执行多长时间，一般由区县级的公安局局长就能作出决定，权利无法得到有效监督，容易导致权力寻租和警察权力的滥用，甚至滋生腐败。
3、存在“罚不当罪”、处罚过于严苛，并且涉嫌一罪两罚的问题。
收容教育是由公安机关作出，未经法院判决，且时间从6个月至2年，期限甚至长于部分刑罚。这一制度的存在，是公权力对私权利的侵犯。收容教育的“起刑点”高达6个月，比针对刑事犯罪的管制、拘役的起刑点还长。实际上，卖淫嫖娼本身不构成刑事犯罪，只是行政违法，其“刑期”高达半年以上明显属于“罚不当罪”。同时，行政法有所谓“一事不二罚”原则，对卖淫嫖娼人员给予行政拘留处罚后又进行收容教育，就违反了“一事不二罚”原则。
4、教育效果有限。
部分学者认为，卖淫嫖娼问题除了道德缺失以外，更重要的是社会经济发展不平衡，贫富差距日益扩大，社会文化发展不健康等多方面因素导致的，而单纯依靠收容教育作为卖淫嫖娼行为的打击手段，实在是效果有限。同时关于卖淫嫖娼案件不断上升的相关统计也佐证这一观点。
收容教育人员集中后，除了学习法律知识，更多时间是在义务劳动，如组织卖淫女做刺绣、缝纫等工作，这些工作产生的利益往往并没用于相应的教育之中。相反，在收容教育过程中出现的管理缺失，强制体罚的现象也时有发生。
