目前主要有三种假说：自然说、医源说和人为说。
自然说认为，艾滋病病毒是自然演变而产生的，在偶然的机会感染了人类。
比较流行的说法是艾滋病病毒来源于非洲的黑猩猩或绿猴等；医源说认为，人类在生产小儿麻痹症疫苗时使用了被污染的黑猩猩的组织器官，在接种疫苗时被感染。
人为说又有几种观点：一是认为，艾滋病病毒是某国情报机构制造的生物武器；二是认为，它是基因工程带来的灾难；三是认为，艾滋病病毒是纳粹的残渣余孽或者某个疯狂的科学家企图进行种族灭绝、建立世界新秩序的产物。
但是，随着研究和调查的深入，专业人员否认了后两种说法，肯定了前一种说法。
在艾滋病病毒（HIV）的自然演化假说中，根据对HIV-1、HIV-2 以及猴艾滋病病毒的全面系谱分析，目前基本被接受的理论是HIV-1 和HIV-2 分别起源于不同灵长类动物的猴艾滋病病毒，即HIV-1 起源于非洲黑猩猩中的猴艾滋病病毒，而HIV-2 则起源于非洲白眉猴中的猴艾滋病病毒。
艾滋病的起源是什么