石家庄市审计局内部设有多个专门负责不同领域的机构，包括：
办公室: 负责机关会议、机要事务、保密、文件处理、信访、督办、信息公开、档案管理以及行政后勤等工作。此外，还负责审计规划、年度计划的制定，审计信息、统计和综合调研，机关财产及财务管理，特约审计员联系，以及授权审计项目的计划制定。
人事处: 管理机关及直属单位的人事、编制、教育培训和审计专业技术职称评定，协助管理县（市）、区审计机关负责人的相关事务。
法规处: 起草审计地方法规、政府规章草案，参与财经政策法规研究，进行审计理论和方法研究。此外，审理审计业务，审核机关文件合法性，处理行政复议和诉讼事务，推动审计法制教育，指导县（市）、区审计法制工作，监督审计业务质量和内部审计机构。
财政审计处: 制定并执行市本级预算执行审计方案，撰写审计报告，审计市财政和税务部门的财务收支，汇总审计结果，指导县（市）、区政府预算审计，审计税收征收情况和专项审计调查。
行政事业审计处: 审计与财政有拨款关系的机关单位，审计市政府部门和事业单位的财务，组织专项审计调查，指导全市行政事业审计。
外资运用审计处: 审计国际组织和外国政府贷款、援助，提供审计公证报告，审计国有控股或主导地位的合资企业，以及外资审计指导。
机关党委: 负责局机关及直属单位的党群工作。
纪检（监察）室: 负责局机关及直属单位的纪检监察工作。