中央音乐学院音乐学研究所自成立以来，便以其深厚的学术传统和汇集的全国顶尖科研人才，以及优越的资源与科研环境，明确了建所初期的五个核心目标：全国一流的音乐学学术研究中心，作为学术交流和信息共享的平台；信息服务中心，构建全面的音乐学资料库，服务于研究员和音乐学界；咨询服务中心，提供研究资料和专业咨询，解答音乐学科难题；人材培养中心，通过多种途径培养和引进中青年学术骨干，以及研究生的子课题研究和合作项目，致力于人才的多元化培养。
研究中心按照教育部的规定，每年规划并申报2个重大课题，旨在解决音乐学领域的重大理论和实践问题，推动学科建设。这些课题鼓励跨学科研究和创新，旨在推动学科前沿的发展。同时，研究所还接纳个人申请或已有立项的课题，作为国家重点基地项目，强化其学术影响力。
信息中心与图书馆合作，建立音乐学信息库，涵盖了丰富的国内外文献、声像资料、学术期刊、专家档案和学科动态，为研究者提供了丰富的资源和信息服务。
咨询服务中心不仅为驻所人员提供研究资料，还为全国音乐学界提供专业咨询，专家们随时解答学科疑难问题，为学术交流与学习提供有力支持。
人才培养中心采取多元化的策略，包括吸引中青年学者进行研究，专家指导研究生进行课题研究，以及与各地合作开展广泛的研究项目，以培养出各类音乐学领域的杰出人才。
中央音乐学院音乐学研究所经过机构改革，于2001年9月被批准为“教育部人文社会科学重点研究基地”后，以教育部对我院的音乐学重点研究基地要成为全国音乐学科研中心、人才培养中心、学术交流和资料信息建设中心、咨询服务中心和深化科研体制改革中心的建设要求为指导，牢固确立基地为全国音乐学科研工作服务的观念，进一步规范基地日常管理工作，并通过不断完善科研项目和经费管理，加强学术交流及各种设施、图书资料、网络建设，努力扩大基地在国内外音乐学科研领域的辐射影响，使之真正发挥基地在全国音乐学科研领域的促进作用。