南京市公安局的领导分工如下：
徐锦辉，市公安局党委书记兼局长，全面负责全局工作，对业务和队伍建设负总责。
黄新国，党委委员、副局长，负责经保处、文保处、科技处、法制处、劳教办等单位。
黄亚玲，党委委员、副局长，主要管理出入境管理处和网监处。
皇海澄，党委委员、副局长，分管城警支队、水警支队等，还包括新华、平顶山、九龙、高新区、经发区、公交和地铁分局，同时协助局长处理消防支队事务。
卢扬，党委委员、副局长，负责治安支队、户政管理处和特警支队，协助局长管理警卫处工作。
胡小翔，党委委员，分管交巡警支队。
张照通，党委委员、纪委书记，负责纪检、监察、审计、信访和后勤管理，协助局长处理警务督察处和装备财务处事务。
葛孝先，党委委员、总值班长，主要负责指挥中心工作。
任刚，党委委员、经侦支队支队长，全权管理经侦支队。
谢根明，党委委员、政治部主任，负责政治部、警学会、督导室、工会以及公安学校等工作。
余子和，党委委员、市维稳办副主任，主要负责维稳和综治工作。
司军，党委委员、鼓楼分局局长，承担鼓楼分局的领导职责。
裴军，党委委员、副局长，分管刑警支队、监管支队、信息通信处和禁毒支队。
南京市公安局是南京市人民政府下设主管全市公安工作的职能部门，受市政府、江苏省公安厅双重领导。各县（县级市）区设公安局（分局），在镇、乡、街道设派出所；公安分局与派出所分别接受同级人民政府和上级公安机关领导。