第一，对创新型产业集群的认识还很模糊。虽然产业集群是产业发展的基本规律，但我国直到近些年来才普遍运用产业集群这个概念，许多人对产业集群特别是创新型产业集群的认识还较模糊。
例如，一些人将产业集群理解为产业集中或产业聚集或产业链等，将创新型产业集群单纯理解为以高新技术产业为主的集群。同时，一些地方对发展产业集群存在不少误区，如将发展主导产业(或支柱产业)等同于发展产业集群；将发展工业园区简单等同于发展产业集群，“乡乡建区”、“镇镇办园”，过分强调产业的地理集中；有的地方不顾当地的条件，过分强调打造(或拉长或延伸)“产业链”，硬搞产业“成龙配套”，导致“大而全”或“小而全”；过分依赖大企业或大项目发展产业集群，忽视中小企业在产业集群形成中的主要作用；重视“七通一平”、基础设施等硬环境建设，忽视文化交流等软环境建设。
第二，创新型产业集群发展的制度环境不完善。产业集群的发展离不开制度环境的支撑，创新型产业集群的发展还需要政府的适当引导。虽然近年来我国创新型产业集群得到了长足发展，但总的来看，创新型产业集群发展的制度环境还不完善。
这主要体现在：有关的法规不健全；鼓励发展创新型产业集群的政策还很缺乏；政府职能转变滞后，“缺位”与“越位”并存，公共服务不够；行业协会等非政府组织发育缓慢；知识产权保护乏力，产权信用环境较差；金融担保机构、教育机构和中介服务机构不足；僵硬的行政区划不利于生产要素大范围流动和聚集等。
第三，一些创新型产业集群产业层次和附加值偏低。由于我国许多创新型产业集群尚处于形成初期，主要依靠低成本战略来形成竞争优势，因此创新型产业集群普遍存在产业层次和产品附加值偏低的问题。
例如，一些集群中企业产品的技术和知识含量偏低，高附加值产业和产品不够；低附加值产业集群较多，高新技术产业集群较少；自主创新能力弱，集群大而不强，抽样调查表明珠三角地区自主研发的企业比例还不到40%，多数企业没有核心技术；作为技术创新基础的劳动力技能较低，在一些制造业集群中甚至出现了严重的“技工荒”；因受保守型传统文化的约束，集群内企业的创新意识不够，人才流动性较低。
第四，一些创新型产业集群的分工协作水平较低。创新型产业集群本是分工协作不断深化的一种重要表现形式，但由于受市场制度不完善和信用环境较差的影响，许多地方创新型产业集群的分工协作水平较低，不能适应发展的需要，表现在集群内企业外包意识差，产业链不完善。
深圳有家具、钟表、服装、机械、鞋业、工艺六个传统产业集群，都具有相当的经济规模，但多数产成品及其零部件在单一企业内部完成，配套企业吃不饱；集群内同类企业恶性竞争，相互压价，开展合作和联合较为困难，没有形成相互支撑、相互依存的专业化分工协作产业网络；一些创新型产业集群临近大学或研究机构，但由于缺乏良好的合作机制和合作氛围，除了中关村等少数高校区外，这些大学或科研机构并未较好地成为产业集群创新的重要源泉。
