吕思勉著述宏富，其中《白话本国史》强调中国是多民族国家，按照历史顺序，分别叙述每个王朝与周围少数民族的关系，为通史写作开辟了新路。《吕著中国通史》上册分门别类、系统论述社会经济、政治制度和文化学术的发展情况。下册分章按历史顺序叙述政治历史变革，其中婚姻、族制、阶级、财产、衣食住行等题，都是过去史书缺乏系统记载的。他所著先秦、秦汉、两晋南北朝、隋唐五代四部断代史，共三百余万字。
吕思勉已刊、未刊论著，80年代末计画汇编成《吕思勉论学集》。他的全部著作，包括各种断代史、通史、专史等，已汇编成《吕思勉史学论著》。另有《诚之诗稿》问世。 吕思勉著作目录及出版情况一览表书名 出版时间 出版社版本 白话本国史 1923年 商务印书馆初版 1990年 上海书店民国丛书 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 吕著中国通史 1940年 上册开明书店初版 1944年 下册开明书店初版 1992年 华东师范大学出版社新版 2005年12月 华东师范大学出版社第二版 2011年5月江苏凤凰出版社第一版先秦史 1941年 开明书店初版 1982年9月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 秦汉史 1947年 开明书店初版 1983年2月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 两晋南北朝史 1948年 开明书店初版 1983年8月 上海古籍出版社新版 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 隋唐五代史 1959年9月 上海中华书局初版 1984年1月 上海古籍出版社重印，增加未刊的总论 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 先秦学术概论 1933年 上海世界书局初版 1985年6月 中国大百科全书出版社新版重印 2005年 云南人民出版社新印 理学纲要 1931年 商务印书馆初版 1988年3月 上海书店影印初版 1996年3月 北京东方出版社新版重印 中国民族史 1934年 上海世界书局初版 1987年11月 中国大百科全书出版社新版重印 中国制度史 1985年 上海教育出版社出版 2005年 上海书店出版社“世纪文库”新印本 吕思勉读史札记 1982年 上海古籍出版社初版 2005年 上海古籍出版社“吕思勉文集”本 论学集林 1987年 上海教育出版社出版 包括1949年前出版的《经子题解》、《现代文学》、《三国史话》《史籍与史学》《蒿庐论学丛稿》《三国史话之余》《蒿庐札记》等 史学四种 1981年 上海人民出版社初版 包括1949年前出版的《历史研究法》、《史通评》、《中国史籍校读法》《文史通义评》 文字学四种 1985年6月 上海教育出版社出版 包括1949年前出版的《中国文字变迁考》、《章句记》、《字例略说》《说文解字文考》的未刊稿 经子题解 1927年 上海商务印书馆出版 1996年3月 华东师范大学出版社“二十世纪国学丛书”新版重印 吕思勉遗文集 1997年 华东师范大学出版社初版 吕著中国近代史 1997年 华东师范大学出版社初版 吕著史学与史籍 2005年 华东师范大学出版社初版 包括史学四种、《史学研究法》、《史籍选文述评》（后两者曾收入《吕思勉遗文集》） 三国史话 2009年 中华书局版 中国史 2006年 上海古籍出版社出版 吕思勉说史 2000年 上海古籍出版社出版 《吕思勉读史札记》中的一小部分. 吕著三国史话 2006年 中华书局简体横排本
